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AI는 신약개발에 어떻게 활용될까? 항생제 개발의 사례 (1) 할리신 AI는 신약개발에 어떻게 활용될까? 항생제 개발의 사례 (2) Explainable Deep Learning 위의 글들에서 이어지는 마지막 내용입니다. 앞서 두 개의 Big paper로 AI를 활용한 새로운 계열의 항생제 개발이 가능하다는 것을 보여준 짐 콜린스 랩에서 2025년 가을 또 하나의 Cell paper를 발표합니다. 제목은 A generative deep learning approach to de novo antibiotic design. 한마디로 이전의 연구가 AI를 활용해서 어떤 구조를 발견(discovery)하고 설명하는 것이었다면 이번엔 아예 새로운 구조를 생성(generation)하는 것이라고 할 수 있죠. 이를 ..

AI는 신약개발에 어떻게 활용될까? 항생제 개발의 사례 (1) 할리신 위의 글에서 이어지는 내용입니다. 2020년 Cell paper로 신규 항생제 개발에 딥 러닝을 도입한 짐 콜린스 랩에서 2023년 네이처 논문을 냅니다. 제목은 Discovery of a structural class of antibiotics with explainable deep learning. 쉽게 말하자면 AI를 활용하되, 그 예측 과정을 투명하게 보여주는 설명 가능한 딥러닝(Explainable Deep Learning) 방법을 제시한 것입니다. 앞서 나온 2020년 cell paper의 방법은 소위 블랙박스 스크리닝 (Black Box Screening)이라고 볼 수 있습니다. AI가 예측은 하지만, 그 예측의 화학적 ..

인공지능(AI) 시대가 본격화되면서 바이오 분야에서도 AI를 활용한 혁신적인 연구가 급속히 확산되고 있습니다. 특히 엄청나게 많은 화합물들을 빠르게 탐색하고 작동 메커니즘을 밝혀나가는 새로운 분자의 설계까지 이어가는 AI의 능력은 신약 개발의 속도와 성공 가능성을 높일 수 있을 것으로 기대하고 있죠. 그 중에 가장 주목받는 분야는 새로운 계열의 항생제 개발입니다. 일단 지난 수십 년 동안 기존 항생제의 내성 문제로 인해 새로운 항생제 개발이 정체되었다는 이야기는 이 블로그에서 여러 번 언급했고, 다제내성균에 대응할 수 있는 새로운 작용기전의 신약이 절실한 상황입니다. 다양한 high-throughput screening 방법이 개발되었지만 그간의 신약 개발 방식은 시간과 비용이 엄청나게 소모되는 과정이었..

0. 폴 토마스 앤더슨 (줄여서 PTA)의 신작 (줄여서 OBAA)를 감상. 를 제외하고 그의 장편 전작을 다 보고 제 맘대로 PTA를 '도른자' 감독이라고 불렀는데, 이번에도 확실히 도른자답게 미친 영화를 하나 만들었네요. 1. 왜 폴 토마스 앤더슨을 PTA라고 부르냐, 잘난 척 하는 거냐, 라는 이야기가 있나본데, 그건 폴 앤더슨이라는 또 다른 감독이 있어서 그러는 측면이 있습니다. 폴 앤더슨은 레지던트 이블 시리즈의 감독이자 밀라 요보비치의 남편. 이하 스포일러 있을 수 있으니 주의 바랍니다!!! 2. PTA 영화의 특징이라면 정말 뭔가 좀 '도른자'가 주인공이라는 건데, 이 번 OBAA에서도 예외 없이 도른자들이 나옵니다. 그나마 주인공의 딸 윌라(체이스 인피니티)는 정상으로 보이지만, 그..