All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것

드디어 구글이 특허 검색 베타 서비스를 시작했습니다. 아직은 베타서비스이고 미국 특허위주의 검색입니다만 생각보다 저조했던 구글 Scholar 보다는 낫지 않을까 싶습니다. 사실 이쪽 분야의 전문적인 논문은 워낙 Medline이나 Pubmed가 꽉 잡고 있어서 구글 스칼라를 이용할 필요는 그리 많지 않았습니다. 하지만 특허 검색은 좀 다르죠. 시험삼아 제가 낸 미국 특허 검색을 해봤는데 보통 이런 것 검색하는데 상당한 시간이 걸리던 것과 비교해 봤을 때, 한 서너배는 빨리 검색을 했습니다. 원문도 쉽게 다운로드 받을 수 있더군요. 현재 베타 서비스임에도 불구하고 아주 만족스럽습니다. 게다가 클레임이나 도면에 대한 정리도 잘 되어 있구요. pdf 화일 내부의 검색까지 가능합니다. 놀라워요!!! 사실 저 아래..

3. 극한미생물 연구의 발전과 Archaea 3.1. Archaebacteria의 등장 극한 조건에서 생육하는 미생물들이 점점 보고됨에 따라 많은 극한미생물들이 일반적인 세균과는 다른 형태와 성질을 갖고 있다는 것이 보고되기 시작하였다. 특히 호염균 (Halobacterium)을 중심으로 그 세포벽의 형태가 기존에 보고된 세균의 세포벽 (펩티도글리칸)과는 차이가 있다는 사실이 1960년대 후반부터 밝혀졌다. 1970년대 초에 브록이 90°C가 넘는 온도에서 생육하는 초고온균을 발견하고 1972년 그렉 자이커스 (J. Greg Zeikus)가 메탄생성균이면서 고온균인 Methanobacterium thermoautotrophicus (후에 Methanothermobacter thermautotrophicu..

미국 경제 격주간지인 포춘은 재미있는 랭킹을 자주 발표합니다. 지난 주엔 "America's Most Admired Companies"를 발표했습니다. 전체 랭킹은 다음과 같았죠. 1. General Electric 6. FedEx 2. Starbucks 7. Apple 3. Toyota Motor 8. Google 4. Berkshire Hathaway 9. Johnson & Johnson 5. Southwest Airlines 10. Procter & Gamble 전체 순위보다는 부문별 순위에 관심이 갔습니다. 아래는 존경받는 제약회사의 순위입니다. 언제나 그렇지만 랭킹은 나름대로의 기준이 있고, 그 기준이 마땅하냐 못마땅하냐는 가치관의 충돌입니다. 하지만 소위 샌프란시스코의 작은 바이오텍 벤처기업에..

매년 연말 미국의 시사주간지 타임은 "올해의 발명 (Inventions of the Year)"를 발표합니다. 2006년 연말에 타임지에서 발표한 Best Inventions 2006에는 여러가지 흥미로운 발명품이 많이 소개되었습니다. 솔직히 말하면 실제로 그다지 흥미로운 것이 많지는 않습니다. 너무 비현실적인 것도 있고 우리 실생활과 상관없는 것도 있고 그렇습니다. 그 중에서 가장 눈길을 끄는 상품이자 유일한 의약품이 바로 Gardasil 이라는 성병예방백신입니다. 이 백신은 4종류의 인간 유두종바이러스 (human papilomavirus, HPV)들의 예방백신인데 Merck에서 만드는 이 약품에 대한 타임지의 제목은 "Good for Girls!" 였습니다. 그러니까 이 성병예방 백신은 특별히 틴에..

극한미생물을 이용한 최대의 연구는 바로 PCR입니다. 개발자인 캐리 멀리스 (Kary B. Mullis)가 노벨상까지 탓죠. 그가 노벨상을 받은 1993년이 제가 처음 PCR을 직접 해본 그 해 입니다. 당시 학과에 한 대 밖에 없는 PCR 기계의 사용법을 배우고 혹시라도 극미량의 DNA가 오염될까봐 손에 비닐 장갑을 끼고 난리를 치던 생각이 나는군요. 멀리스는 Thermus라는 고온성 세균을 이용했지만 최근에는 Pyrococcus나 Thermococcus류의 Thermococcales의 DNA polymerase를 많이 이용합니다. DNA 증폭시 에러의 확률이 훨씬 낮기 때문이죠. 그런데 오늘 네이처지에서 오는 스팸메일의 제목이 바로 이 포스트의 제목과 같았습니다. "Extremely fast and ..

2. 극한미생물 연구의 시작 2.1. 고온균 연구의 시초: 고온성 간균 및 방선균 최초로 동정된 극한미생물은 고온성 간균인 Geobacillus stearothermophilus로 알려져 있다. 1879년 프랑스 세느강에서 분리된 이 간균은 1920년 동크 (Donk)에 의해Bacillus stearothermophilus로 명명되었으며 2001년 종(Genus) 이름이 Bacillus 에서 Geobacillus로 바뀌었다. 고초균이라고 불리우는 Bacillus는 토양 및 공기중에 가장 많이 존재하는 미생물의 하나로서 다양한 생육특성을 보이는데 이후 다양한 고온성, 호알칼리성, 호산성 Bacillus가 존재하는 것이 밝혀졌다. 또한Bacillus와 같은 토양미생물인 방선균에서도 고온성 미생물들이 밝혀졌는..

한국미생물생명공학회에서 발간하는 뉴스지 e-생물산업에 실린 당쇄소재의 의학적 이용 (제19권 6호, 2006년 12월)은 당생물학에 관심있는 분들이라면 꼭 한 번 읽어볼만한 내용입니다. 잘 아시다시피 당은 단백질, 지질과 함께 생물체를 구성하는 3대 요소이지만 간단히 분석이 가능한 DNA, RNA, 펩다이드와는 달리 구조적으로 너무 많은 이성질체를 만들기 때문에 아직까지 미개척의 분야로 남아 있습니다. 하지만 많은 단백질-단백질 interaction이나 바이러스, 세균 감염, 면역 활성등에 당이 중요한 역할을 하는 것으로 밝혀지고 있어서 외국에서는 점점 더 많은 주목을 받고 있기도 하죠. 글을 쓰신 김철호 교수님의 국내 당생물학계의 파이오니어의 한분이라고 할 수 있는데 현재 성균관대학교 생명과학과 분자세..

제 1 장. 서론, 극한미생물학의 역사 우리가 살고 있는 지구상에는 다양한 자연 환경이 존재하고 거의 어느 곳에나 예외없이 그 곳에서 서식하는 미생물이 또한 존재한다. 과거에는 영하 60도 이하의 남극지방이나 섭씨 100도를 넘는 심해저 열수분화구 주변의 환경은 생물이 살 수 없는 환경이라고 여겨졌으나 최근 다양한 연구 방법을 통해 극한 환경에서 사는 미생물을 분리, 동정해내기에 이르렀고 이제는 그러한 극한 환경에서 생육하는 미생물과 그 단백질, 또는 유전자등을 이용하여 산업에 응용하기도 하는 실정이다. 하지만 미생물학의 역사를 짧게 보아 파스퇴르 이후의 150여년으로 보았을 때 극한미생물학의 역사는 40년 정도의 짧은 역사를 가지고 있으며 본격적으로 연구가 진행되어 온 것은 20년이 채 되지 않기때문에..

이 카테고리의 글은 제가 공부한 "극한미생물학"을 정리하고 국내에 소개하기 위해서 쓰고 있는 책의 일부입니다. 물론 언제 완성이 될지는 모르겠습니다만 "극한미생물학(저술중)" 카테고리의 글들은 퍼가지 말아주세요. 링크나 다른 사이트에 소개하시는 것은 상관없습니다.

92년도 말인가 93년도 초인가, 미국을 다녀온 한 실험실의 선배가 매뉴얼로 DNA 시퀀싱을 하고 그 결과를 일일이 타이핑하고 있는 제게 알려준 것이 바로 인터넷이라는 것이었습니다. 이메일이 무엇인지 홈페이지가 무엇인지 알아가며 그 신기한 세계를 접하게 된 것은 완전히 새로운 세계를 맛본 하나의 전환점이었습니다. 그리고 그 정점엔 바로 NCBI의 BLAST search가 있었습니다. 일일이 DNA 시퀀싱 gel로 부터 염기서열을 읽고, 누군가가 옮겨 적고, 그것을 타이핑하고 다시 그것을 컴퓨터 프로그램을 통해 일일이 맞춰보던 작업을 하던 제게 이 결과가 제대로 된 것인지 아닌지 알려주었던 것이 바로 BLAST 서치 였습니다. 그 이후로 인터넷으로 할 수 있는 전공관련 작업들을 하나 둘씩 모으기 시작했고,..

수퍼보울이 방금 끝났다. 인디애너폴리스의 승리로. 독립기념일이나 크리스마스, 땡스기빙 같은 각종 기념일을 제외하고는 아마 가장 큰 명절(?)이라고 할만한 이 날이 지나간다는 것은, 약간 서글픈 일이다. 이로서 풋볼의 시즌은 전부 막을 내렸고, 다음주 올스타전이 열리는 NBA가, MLB가 시작할 때까지 여러 스포츠팬을 사로잡을 것이다. (어메리칸)풋볼은 이상한 묘미를 주는데, 그 인기에 걸맞게 다양한 문화현상을 만들어낸다. 영화에 있어서도 마찬가지인데 미국에 풋볼에 관련한 영화가 참 많다는 것은 미국에 와봐야 알 수 있다. 그 중에 가장 유명한 영화의 하나가 바로 이 (국내 개봉제목, 원제 Remember the Titans)이다. 버지니아주 알렉산드리아시에서 1971년 있었던 실화를 바탕으로 만든 이 영..

고든의 비만과 장내세균에 관련된 논문을 읽다가... The human gut contains an immense number of microorganisms (인간의 장에는 아주 많은 미생물들이 살고있다.) ==> 2004 PNAS paper = The adult human intestine is home to an almost inconceivable number of microorganisms. ==> 2005 Science paper = Trillions of microbes live in the human gut ==> 2006 Nature paper 나라면 a great number of 정도를 사용하지 않았을까??? 틀린 표현은 아니지만 좀 더 과학적으로 멋나게 쓰려면 immense 가 좋아보..

최근에 Nature Methods에 낸다고 우리 보스가 쓴 문장... proteins not amenable to expression in bacterial hosts 나 같으면 Proteins (which is) not well-expressed in bacterial hosts 라고 했을텐데... * amenable ［∂ｍ´ｉ:ｎ∂ｂ∂ｌ］ 복종해야 할, ...을 받아들이는, (충고 등에)순종하는 위의 사전적인 해석으로는 뜻이 잘 안통하고 그냥 "안되는" 정도의 의미지만 죽었다 깨어나도 내가 만들어서 쓰기 어려운 표현...

Grow well 이런 말 쓰지말고 thrive!!! Pyrococcus furiosus thrives at extreme temperatures * thrive 번창하다, 번영하다, 무성하다, 호황을 누리다 By studying fossils, paleontologists learn what forms of life thrived during various periods of the Earth's history. (화석을 연구함으로써, 고생물학자들은 지구역사의 여러 가지 기간 동안에 어떤 형태의 생명체가 번창했는지를 배운다.)

여기 이문열의 소설이 있다. . 문학전문기자 최재봉의 글을 빌려서 내용을 요약해본다. 철저한 독재자인 반장 엄석대의 배후에는 그의 `효율적인 통치'에서 득을 보는 담임선생님이 있다. 그러나 주인공들이 5학년에서 6학년으로 진급하면서 새로 담임을 맡게 된 교사는 엄석대 식의 강압적인 반 운영을 비판하고 구성원들의 자율적이고 민주적인 참여를 요구한다. 결국 전교 1등의 성적까지 조작하는 엄석대의 음모를 발각해낸 교사에게 매를 맞고 엄석대는 학교를 떠난다. “너희들은 당연한 너희들의 몫을 빼앗기고도 분한 줄 몰랐고, 불의한 힘 앞에 굴복하고도 부끄러운 줄 몰랐다.” 엄석대와 그의 공모자들에게 매를 때리면서 교사가 한 말이다. 여기 유사한 줄거리의 또 하나의 소설이 있다. 황석영. 이문열과 대척점에 서있는 사람..