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AI는 신약개발에 어떻게 활용될까? 항생제 개발의 사례 (1) 할리신 AI는 신약개발에 어떻게 활용될까? 항생제 개발의 사례 (2) Explainable Deep Learning 위의 글들에서 이어지는 마지막 내용입니다. 앞서 두 개의 Big paper로 AI를 활용한 새로운 계열의 항생제 개발이 가능하다는 것을 보여준 짐 콜린스 랩에서 2025년 가을 또 하나의 Cell paper를 발표합니다. 제목은 A generative deep learning approach to de novo antibiotic design. 한마디로 이전의 연구가 AI를 활용해서 어떤 구조를 발견(discovery)하고 설명하는 것이었다면 이번엔 아예 새로운 구조를 생성(generation)하는 것이라고 할 수 있죠. 이를 ..

AI는 신약개발에 어떻게 활용될까? 항생제 개발의 사례 (1) 할리신 위의 글에서 이어지는 내용입니다. 2020년 Cell paper로 신규 항생제 개발에 딥 러닝을 도입한 짐 콜린스 랩에서 2023년 네이처 논문을 냅니다. 제목은 Discovery of a structural class of antibiotics with explainable deep learning. 쉽게 말하자면 AI를 활용하되, 그 예측 과정을 투명하게 보여주는 설명 가능한 딥러닝(Explainable Deep Learning) 방법을 제시한 것입니다. 앞서 나온 2020년 cell paper의 방법은 소위 블랙박스 스크리닝 (Black Box Screening)이라고 볼 수 있습니다. AI가 예측은 하지만, 그 예측의 화학적 ..

인공지능(AI) 시대가 본격화되면서 바이오 분야에서도 AI를 활용한 혁신적인 연구가 급속히 확산되고 있습니다. 특히 엄청나게 많은 화합물들을 빠르게 탐색하고 작동 메커니즘을 밝혀나가는 새로운 분자의 설계까지 이어가는 AI의 능력은 신약 개발의 속도와 성공 가능성을 높일 수 있을 것으로 기대하고 있죠. 그 중에 가장 주목받는 분야는 새로운 계열의 항생제 개발입니다. 일단 지난 수십 년 동안 기존 항생제의 내성 문제로 인해 새로운 항생제 개발이 정체되었다는 이야기는 이 블로그에서 여러 번 언급했고, 다제내성균에 대응할 수 있는 새로운 작용기전의 신약이 절실한 상황입니다. 다양한 high-throughput screening 방법이 개발되었지만 그간의 신약 개발 방식은 시간과 비용이 엄청나게 소모되는 과정이었..

제 블로그를 찾으시는 분들 중에 전세계 제약회사 순위를 검색해 들어오시는 분들이 많은데, 오늘은 2023년도 기준 전세계에서 가장 많이 팔리는 의약품, 소위 베스트 셀링 의약품 순위에 대해서 정리해보도록 하겠습니다. 여기에 나온 자료는 제약산업 전문매체인 Pharmaceutical Executive의 2024년도 6월호의 기사를 근거로 하고 있습니다. (참고로 Pharmaceutical Executive는 'Pharm Exec Top 50 Companies' (세계 50대 제약회사 순위) 같은 보고서로 유명한 매체입니다.)    Pharmaceutical Executive에 나온 2023년 best selling drug Top 10은 위의 그림과 같습니다. 여전히 키트루다가 압도적인 1위를 달리고 있고..

(읽기 전 참고 사항)엄밀한 의미에서 내성(tolerance)과 저항성(resistance)은 다른 개념인데, 내성은 약물에 대한 감염숙주(환자)의 반응 저하 개념이고, 저항성은 약물의 효과에 저항할 수 있는 감염체(미생물)의 능력을 의미합니다. 그래서 내성 세균보다는 저항성 세균이라는 용어가 맞습니다만 대중적으로 내성 세균이라는 개념이 아직까지 훨씬 더 많이 쓰이고 있기 때문에 이 글에서는 주로 내성이라는 단어를 사용했음을 밝힙니다.   2022년 연말에 WHO에서 최초로 병원성 진균 우선순위 리스트 (fungal priority pathogens list, WHO FPPL)를 발표했다는 포스팅(아래 링크)을 한 적이 있습니다. 항생제 내성 세균을 위한 항생제 개발 뿐만 아니라 새로운 항진균제 개발의 ..

지난 주 Lancet Infectious Diseases에 실린 리뷰 논문이 여러 언론에 보도되며 큰 관심을 불러 모았습니다. 보도의 핵심은 대략 10년 전에 비해 사망자가 2배 가까이 늘어서 매년 380만명(전 세계 전체 사망자의 약 6.8%) 정도가 사망하는 것으로 추정된다는 것입니다. Global deaths from fungal disease have doubled in a decade – new study Better and more timely diagnoses of fungal diseases could save millions of lives a year. theconversation.com 여러 보도에 언급된 논문 제목은 Global incidence and mortality of sev..

최근 유전자 치료(Gene Therapy)에 대한 관심이 매우 높습니다. 간단하게 말해서 유전자 치료란 환자의 유전자를 바꿔서 유전병을 치료한다는 것인데요. 특히 2020년 CRISPR/Cas9 유전자 가위법이 노벨상을 수상한 후 더 관심이 높아졌고, 이 유전자 가위 방법을 사용한 카스거비(Casgevy, 상품명 엑사셀)가 겸상적혈구증(낫적혈구증) 치료제로 영국에서 첫 승인을 받은 것이 지난 주에 크게 뉴스(아래 링크)가 되었지요. 오는 12월에 미국 FDA에서도 허가가 날 것이라는 예측이 많습니다. https://www.hani.co.kr/arti/science/science_general/1116973.html 노벨상 ‘유전자 가위’, 질병 치료 문 열었다…수십억 비용 걸림돌 크리스퍼 유전자 가위, ..

지난 11월 8일 미국 FDA에서 일라이 릴리사의 비만치료제 젭바운드(Zepbound)를 허가했습니다. 이로써 지난 번 포스팅 (일라이 릴리와 노보 노디스크의 당뇨병 100년 전쟁 (feat 프레데릭 밴팅))의 100년 라이벌 두 회사 대진표가 확정되었는데요. 이를 간단히 정리해보겠습니다. https://v.daum.net/v/20231109080121142 美 FDA, 일라이릴리 비만치료제 '젭바운드' 승인…한달치 140만원 (서울=뉴스1) 권영미 기자 = 미국 식품의약국(FDA)이 8일(현지시간) 제약사 일라이 릴리의 비만 치료용 신약 젭바운드를 승인했다고 워싱턴포스트(WP)가 보도했다. 젭바운드의 성분은 티르제파티드 v.daum.net 1. 100년 라이벌 일라이 릴리와 노보 노디스크 이번 비만/당..

이번 주 네이처 immunology에 흥미로운 논문이 발표되었습니다. 장내 곰팡이의 불균형이 중증 COVID-19 환자나 장기 감염자에게 과도한 염증을 유발할 수 있을지도 모른다는 논문입니다. 물론 그 순서는 반대일 수도 있습니다. 이번 연구에서 중증 COVID-19 환자는 효모 캔디다 알비칸스를 포함하여 장에서 흔히 발견되는 세 가지 곰팡이 종에 대한 항체가 약 4배 더 많이 생성되었다고 합니다. 이는 이러한 환자들에게 해당 곰팡이의 양이 많다는 것을 의미합니다. 그리고 마우스에게 COVID-19 환자에게서 얻은 진균들을 먼저 감염시킨 후 코로나바이러스(SARS-CoV-2)를 감염시킨 경우에, 진균 감염 없이 코로나 바이러스만 감염시킨 마우스보다 더 많은 호중구가 동물의 폐에 침입하여 염증 반응을 활성..

비만치료제 관련 포스팅을 하고 나니까 갑자기 전세계 제약회사 순위가 궁금해졌습니다. 그래서 자료를 찾아보니 잘 정리된 2021년도 자료가 있더군요. 물론 저도 이전에 네이처의 Top 10자료를 포스팅(코로나 전과 후, 글로벌 제약회사 순위 변화)한 적이 있었습니다만, 이번에 찾은 2021년 Top 50위 까지의 자료를 가지고 글로벌 제약 기업의 국가를 정리해 봤습니다. (여기서 잠깐, 기업 순위를 시가총액이나 다른 기준들로 다양하게 매길 수 있지만 여기선 매출액 기준임을 밝힙니다.) 전세계 제약회사 순위 50위까지를 국가별로 봤을 때 가장 많은 나라는 당연히(?) 미국(16개 회사)이었습니다. 하지만 저를 놀라게 한 것은 그 다음인 2위였는데, 2위는 일본이더군요. 50위 중에 7개 회사(다케다, 아스텔..

최근에 가장 재미있게 들은 팟캐스트가 있는데 경상대 백승만 교수님의 약에 대한 이야기였습니다. 특히 최근 비만치료제 전쟁을 하고 있는 일라이-릴리(마운자로)와 노보 노디스크(위고비)의 인슐린 시대부터의 뒷 얘기가 참 흥미로웠는데, 그 이야기 속에서 인슐린 발견으로 노벨상 받은 "대인배"와 당뇨병에 걸린 아내를 위해 그 대인배에게서 허락을 받고 인슐린을 만든 "사랑꾼"에 대한 말씀을 하시더군요. 언더스탠딩 - 없어서 못 파는 삭센다 위고비는 1달러에 만들어졌다? 백승만 경상국립대학교 약학과 교수 여기서 그 대인배는 의사 출신 프레데릭 밴팅(Frederick Banting)입니다. 캐나다 최초의 노벨상 수상자이자 인슐린을 발견한 공로로 노벨상을 받은 유명한 사람이죠. 밴팅은 토론토대학 매클라우드 교수 연구실..

오늘 CNN 뉴스에 나온 내용입니다. 미국에서 항진균제 내성 피부백선 환자가 첫 보고 되었다고 합니다. First US cases of treatment-resistant ringworm found in patients in New York City 피부 백선(ringworm)은 영어로 worm이 들어가니까 벌레에게 물렸거나 벌레에 의해 감염되는 건가 싶지만 실은 40여 종의 곰팡이(진균) 감염에 의해 발생합니다. 링웜 자체는 드문 일이 아닌데, 이번엔 첫 항진균제 내성 케이스라는 것이고 Trichophyton indotineae라는 최근 발견된 곰팡이에 의해서 생겼다네요. 이 Trichophyton은 대표적인 피부곰팡이 (Dermatophytes)로 사람의 무좀균도 이 종류입니다. 사실 피부 곰팡이 감..

오늘 CNN에 흥미로운 뉴스가 실렸습니다. 독일 연구진들이 genome mining 기법을 이용해서 새로운 항진균제를 발견했는데, 그 이름을 키아누마이신 (keanumycin)이라고 명명했다는 것입니다. 그런데 키아누마이신은 바로 영화배우 키아누 리브스의 이름에서 가져왔고, 그렇게 명명한 이유는 '존 윅'과 '매트릭스' 같은 영화에서 악당을 잘 처단했기 때문이라고 하네요. 키아누마이신에 대한 논문은 JACS (Journal of the American Chemical Society)에 실렸는데 키아누마이신 A, B, C 세 물질이 실렸습니다. 물질 구조에 관심있는 분들이라면 lipopeptide 계열 물질이라는 것을 알 수 있습니다. 이런 리포펩타이드 물질들은 항균효과, toll-like receptor..

유명한 미국 위스키(버번) 회사 잭다니엘의 숙성 창고 건축 계획이 소송에 휘말렸다는 BBC 보도가 최근 화제가 되었습니다. 그 이유는 소위 "위스키 곰팡이(Whiskey fungus)" 때문인데요. 위스키 숙성 창고에 공기 필터를 설치하라는 것입니다. 양조장이나 베이커리 주변에서 많이 발생하는 곰팡이가 건물 벽에 얼룩을 만들거나 식물에 달라붙어 문제를 일으키기 때문입니다. 이러한 문제는 주로 보두애니아 (Baudoinia) 속 곰팡이들에 의해 일어납니다. Baudoinia라는 이름은 앙토낭 보두앵 (Antonin Baudoin)이라는 19세기 프랑스 꼬냑 지방의 한 약사이자 꼬냑 농업산업화학연구소 소장의 이름에서 유래했습니다. 무려 1872년에 꼬냑 증류소 주변 건물의 검은 얼룩에서 곰팡이를 처음 보고한..

쉬겔라 세균(Shigella)은 우리가 흔히 세균성 이질이라고 부르는 쉬겔라증(shigellosis)을 일으키는 병원균입니다. 쉬겔라 감염은 주로 식수나 음식으로 감염되고 급성 염증성 장염을 일으켜 심한 설사를 일으키죠. 특히 다른 식중독균과 달리 적은 양의 균 (10-100 CFU)으로도 문제를 일으킬 수 있다는 것이 특징이죠. 우리나라 법정 감염병을 1급부터 4급까지 나누는데 2급 감염병에 속합니다. 지난 주 금요일, 미국 CDC (Centers for Disease Control and Prevention)에서 항생제 저항성 쉬겔라(drug-resistant Shigella)에 대한 경고를 발표해서 많은 언론에서 뉴스로 보도되었습니다. 그 이유는 Shigella XDR 균주가 점점 문제가 되고 있다..