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일단 PCR에서 제일 중요한 것이 프라이머 디자인이지요. 프라이머 디자인을 하려면 원본 서열이 있어야 하고 그 서열에서 증폭하고자 하는 양 말단의 서열을 서로 반대방향으로 20mer 내외의 길이로 만들어야 합니다. 그런데 잘 만들어도 PCR이 잘 안되는 경우가 있는데, 그럴 때 중요하게 생각하는 것이,
1) Tm (melting temperature)
2) GC content
3) Hairpin 구조 형성유무
4) Self dimer 형성 유무 등입니다.
이러한 프라이머의 패러미터들을 계산해주는 프로그램은 많이 나와 있는데, 그 중에서 제가 가장 좋아하는 프로그램은 아래의 두가지 입니다. 그냥 쉽게 사용할 수 있지요.
이 중에 Oligo Calc는 매우 다양한 패러미터들을 구해주고 reverse complement 서열도 구해줍니다. 앞선 포스팅의 DNA manipulation program을 사용할 필요가 없지요. Tm 값은 3가지 방식으로 구해주는데, basic은 보통 가장 간단하게 사용하는 방식이고 나머지 두 방법은 복잡한 설명이 필요하더군요.
우리나라 바이오니아 홈페이지에도 간단하게 Tm 값을 구해주는 프로그램이 있습니다. Tm만 구하기 원하신다면 아주 간편합니다.
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