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이전 바이오텍 카테고리/It's Basic!10

언제나 비교대상은 정확해야 합니다. 돼지껍질 콜라겐, 뼈 성장에도 좋아요 피부에 좋다고 알려진 돼지껍질 속의 콜라겐이 뼈 성장에도 효과가 있다는 연구결과가 나왔다. (중략) 펩타이드 형태의 콜라겐을 첨가한 조골세포는 아무 것도 첨가하지 않은 것에 비해 44%, 콜라겐을 고분자 형태 그대로 첨가한 것에 비해 40% 세포증식 효과가 높게 나타났다. 쥐 실험에서는 저 분자 콜라겐인 펩타이드를 5일 동안 먹은 쥐는 대퇴부의 장골길이가 468um(1um은 1mm의 1,000분의 1) 길어졌다. 가공하지 않은 콜라겐을 먹은 쥐가 406um, 일반 먹이를 먹은 쥐가 404um 성장한 것에 비해 펩타이드 형태 콜라겐이 키 성장에 가장 큰 효과가 컸다. 실험에서 가장 중요한 것은 무엇일까요? 식품연구자들이 가장 자주 실수하는 것은 무엇일까요? 저는 비교 .. 2010. 3. 16.
과학(의학) 연구 방법론 어제 포스팅한 어이없는 혈액형 결정론 "A형 외아들 남고생, 게임중독 위험군"에 통계자료를 어떻게 해석할 것인가에 대한 문제가 나옵니다만 실제로 이런 연구는 방법론적으로도 문제가 있다고 생각합니다. 그래서 오늘은 연구방법론을 좀 이야기해볼까 합니다. 일단 며칠 전 본 한 기사입니다. 휴대폰, 암 발병 30% 높일 수도‥"이어폰 써야" (MBC뉴스) 그동안 각 나라에서 진행됐던 23개 연구결과 가운데 신뢰도가 높은 8개를 종합한 결과, 휴대전화 사용과 암 발생 사이에 상관관계가 있는 것으로 나타났습니다. 휴대전화를 사용하는 사람이 그렇지 않은 사람보다 종양 발생률이 17% 정도 높다는 것입니다. (중략) 이번 연구결과는 종양학 분야의 세계 최고 권위지인 [jco], 임상종양학회지에 게재됐습니다. 이 휴대폰.. 2009. 10. 20.
Glucose와 Dextrose의 차이는? 오늘 연구발표 시간에 한 학생이 질문한 내용입니다. 보통 글루코스와 덱스트로스라는 말을 같이들 쓰는데 그 정확한 차이를 잘 모르는 경우가 많습니다. 간단하게 말하자면 글루코스는 C6H12O6의 분자식을 가지고 있는 아래와 같은 물질입니다. 그런데 글루코스 앞에는 D-, 또는 L-라는 표시가 되어 있는데 이는 글루코스가 사실은 거울상 이성질체 (enantiomer)를 가질 수 있기 때문입니다. 그래서 실제로 글루코스를 합성한다면 두가지 형태로 존재가 가능하고 우리가 그냥 "글루코스"라고 표기한다면 이 둘 중의 어느 형태인지 구분이 안가는 것입니다. 그런데 자연계에서 존재하는 대부분의 탄수화물들은 D-form이고 그래서 자연계에 풍부하게 존재하는 전분이나 셀룰로스를 분해하여 글루코스를 만든다면 그 글루코스는.. 2008. 9. 20.
Tris, Tris base, Trizma base의 차이는? Buffer의 대명사인 Tris는 주로 약알칼리에서 buffering을 하는 염기(base)성 버퍼입니다. 그래서 tris를 tris base라고 합니다. 그러니까 tris와 tris base는 같은 것입니다. 분자식은 (HOCH2)3CNH2이고 분자량은 121.14이며 물에 약 2.4M 농도까지 녹습니다. (Protein Methods, 2nd ed, p8) Tris에 대한 wiki의 설명 그런데 가끔 trizma base 또는 trizma라는 것이 가끔 보입니다. 구글을 보면 tris를 써야 하는데 trizma를 써서 실험이 잘 안되는 것이 아닌가하는 질문도 올라있던데 사실 Trizma는 유명한 시약회사인 Sigma에서 만드는 Tris의 상표명입니다. 그래서 위 그림에 보면 TrizmaTM 이라고 t.. 2008. 9. 1.
살균용으로 70% 알콜을 사용하는 이유 보통 실험실에서, 특히 미생물을 다루기전에 손에다 뿌리거나 클린 벤치를 닦을 때 70% 알콜(에탄올)을 자주 사용합니다. 그런데 왜 하필이면 70%일까, 그냥 100% 알콜을 사용하면 될텐데, 이런 생각 누구라도 한 번쯤은 해봤을 겁니다. 일하다보면 그거 물과 알콜 3:7로 섞는 것도 귀찮을 때가 있거든요. 그런데 그것도 다 이유가 있기 때문입니다. 다음의 웹사이트를 보시면 그 이유가 나와 있습니다. http://www.protocol-online.org/forums/index.php?showtopic=4108&hl= http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/17193.html 70% 알콜은 미생물의 세포내부로 침투하여 단백질을 침전(변성)시켜서 죽이는.. 2007. 11. 28.
개미산, 호박산, 주석산 등 유기산의 이름과 기원들 강의를 하다보면, 특히 오래전 책들을 보다보면 개미산, 주석산, 호박산 뭐 이런 이름들을 자주 보게됩니다. 사실 요즘이야 그냥 영어이름을 외워서 써버리지만 그래도 가끔 왜 이름을 이렇게 지었을까 궁금해하곤 했는데, 생각보다 제가 짐작했던 이유들이 아니더군요. 그래서 오늘 그 이름들을 정리해보았습니다. 출처는 대부분 두산백과사전 (네이버)입니다. 1. 개미산 (formic acid) 1670년 피셔가 개미를 증류하여 처음으로 얻어 개미산이라고 한답니다. 2. 구연산 (cirtic acid) 구연이란 시트론 citron의 한자명이며, 시트론을 비롯하여 레몬이나 덜 익은 광귤 등 감귤류의 과일에 특히 많이 함유되어 있는 데에서 연유했다고 합니다. 3. 호박산 (succinic acid) 1550년 R.아그리콜.. 2007. 11. 14.
쿠마씨 (Coomassie Brilliant Blue) 염색은 어떤 아미노산에 되는가? 가끔은 너무나 기본적인 것이 생각 안나서 괴로울 때가 있습니다. 쿠마씨 염색의 원리 같은 것이 그렇습니다. 단백질을 전기영동해서 염색할 때 가장 많이 사용하는 염색약이 쿠마씨 염색입니다. 보통 쿠마씨는 "Coomassie Brilliant Blue G 250"이라는 염색약을 뜻합니다. 화학구조는 왼쪽에 보시는 것과 같습니다. (그림은 위키에서 가져왔습니다.) 단백질이 염색이 되는 원리는 이 시약이 단백질의 Arg, Lys이나 aromatic ring이 있는 아미노산 잔기들 (Tyr, Trp, Phe), His등과 결합을 하기 때문이라고 합니다. 조금 더 자세히 말하면 위의 그림에서 보시다시피 쿠마씨는 6개의 phenyl group들과 2개의 sulfonic acid group들을 통해서 단백질과 결합하는.. 2007. 4. 5.
고등학교 화학 또는 일반화학에서의 결합 가끔은 너무나 기본적인 내용이 생각이 안나서 고민을 하게 만드는 경우가 있습니다. 바로 Ni-NTA와 히스티딘의 결합같은 경우가 그런 것인데요. 하긴 저희 랩의 절반은 화학을 전공한 친구들인데 그 친구들도 유기화학하는 방에 물어보라고 했습니다. ^^ 아무튼 그래서 일반화학에서 배운 내용을 간단히 정리합니다. 일단 화학에서 물질간의 결합은 크게 아래와 같이 두가지로 나눕니다. 1) 화학결합 (bonds) 2) 분자간 결합 (상호작용, interactions) 1)의 화학결합은 다시 1-1. 이온결합 1-2. 공유결합 1-3. 배위결합 1-4. 금속결합 2)의 분자간 상호작용은 2-1. 반데르발스힘 (분산력) 2-2. 수소결합 2-3. 쌍극자-쌍극자 상호작용 으로 나눌 수 있습니다. (자세한 내용은 링크한 .. 2007. 3. 22.
Ni-NTA His-tag affinity chromatography 아마 모든 실험실에서 가장 많이 사용하는 단백질 정제 방법이 히스티딘 tag을 이용한 affinity 크로마토그래피일 것입니다. 이미 여러회사에서 상용화된 수지(resin)을 팔고 있습니다. 물론 값은 엄청나게 비쌉니다. 그 중 가장 많이 사용하는 Qiagen의 Ni-NTA superflow수지는 500ml에 3800불이나 합니다. NTA는Nitrilotriacetic acid의 약자로서 분자식이 C6H9NO6입니다. NTA는 대표적인 메탈 킬레이터인 EDTA와 비슷한 성질을 갖는데 자연에서 잘 분해가 안되는 EDTA에 비해 쉽게 분해되기 때문에 장점이 있습니다. (위 사진은 wiki에서 가져온 NTA) 이 NTA는 다양한 금속이온을 킬레이팅 하기 때문에 거기에 Ni을 붙이고 지지체와 연결시킨 것이 Ni.. 2007. 3. 22.
단백질과 pI (isoelectric point, 등전점), 이온교환수지 선택 아미노산은 pH에 따라 산과 염기로 이온화가 가능한 물질입니다. 따라서 아미노산의 결합체인 단백질도 pH에 따라 자기 고유의 전하를 띄게 됩니다. 보통 단백질의 net charge는 pH에 따라 달라지는데 이렇게 단백질의 net charge가 0이 되는 pH를 그 단백질의 등전점 (isoelectric point, pI)라고 부릅니다. 보통 단백질의 net charge는 전체 아미노산보다는 단백질 표면의 아미노산이 더 중요한 영향을 주지만 구조를 모르는 상황에서 등전점을 구하기 위해 아미노산 구성만을 가지고 이론적 pI (Theoretical pI)를 계산하기도 합니다. 주의할 것은 단백질을 pI 에 해당하는 buffer pH에 보관하면 버퍼에 녹지않고 침전이 생긴다는 점입니다. 그래서 등전점 보다는 높.. 2007. 3. 21.