All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것

0. 신종코로나 (COVID19) 백신의 개발 상황에 대한 간단 정리 (오류가 있으면 바로 잡아 주세요) 1. 화이자에 이어 모더나의 mRNA 백신도 유효성이 94.5%라고 중간 발표.(화이자는 90%), 이 정도면 오차 범위 안인가 싶지만 실제로 이런 유효성의 오차범위를 구할 수 있을지 아니면 신뢰할 수 있는 데이터의 숫자라는 것이 있을지는 모르겠음. 2. 백신을 15,000명 맞았는데 5명이 코로나에 걸리고, 위약도 15,000명 맞았는데 90명이 걸렸다. 그런데 유효성 94.5%는 어떻게 계산한 것일까? 백신접종을 받지 않은 대조군(ARU)과 백신접종(ARV)군 사이에서 가장 일반적으로 사용되는 척도는 ((ARU-ARV)/ARU)×100라고 함. 즉 100x(90-5)/90 = 94.4444 3. ..

내년부터 유전자변형감자가 수입된다고 합니다. (뉴스 클릭) GMO 문제는 찬반 양측의 입장이 첨예하게 달라 잘 대화가 되지 않기에 논란이 좀 있을 듯하네요. 그럼 일단 이번 GM 감자(심플롯사의 SPS-E12)에 대해 좀 알아야 하지 않겠습니까? 그래서 간단히 이번에 수입된 GM 감자가 어떤 것인지 간단히 이야기해보려고 합니다. 1. 이종교배가 없는 유전자 변형입니다. GMO에 대한 가장 큰 거부감은 서로 다른 생물종의 유전자를 서로 섞는다는 것이었죠. 하지만 이번에 수입되는 E12 품종은 소위 innate 품종입니다. Innate 품종이라고 하는 건 다른 종의 유전자나 DNA를 가지고 있지 않기 때문이죠. 감자의 RNA를 이용해서 감자의 DNA에 살짝 변형을 준 것입니다. 이런 기술을 RNAi(RNA ..

개천절에 학교에서 일하다 네이처 트위터 계정에서 노벨화학상 속보 보고 깜짝 포스팅을 합니다. 제가 깜놀한 이유는 프랜시스 아놀드 교수가 노벨상을 받았다는 소식 때문이죠. 그 공로는 당연히 directed evolution 때문입니다. directed evolution은 우리나라에서 주로 분자진화로 번역되죠. 자연선택에 의해서 오랜 기간 동안 일어나는 진화를 시험관에서 빨리 원하는 방향으로 유도한다는 의미입니다. 그 방법은 유전자의 변이를 만들어서 high-throughput screening (HTS)을 통해 원하는 단백질을 얻는 방법인데 아래 그림에서 보시다시피 Error-prone PCR 등으로 random mutation을 주거나 DNA shuffling을 이용해 유전자 서열을 뒤섞어 유전자 변이를..

제가 최근 효소액(발효액)에 대해 비판적인 글을 좀 썼습니다. 효소액이라고 보기 어렵고 발효도 거의 안되었을 가능성이 높다는 것이죠. 최근 이와 관련된 방송 프로그램들이 여기저기서 많이 나오는 것 같습니다. 이번 주 팟캐스트 "나는 의사다"에서도 잠깐 다루었고 지난 주엔 생로병사의 비밀에서도 다뤘다고 하더군요. (그런데 예전에는 발효액이 좋다고 방송한 적도 있다던데... -_-;;;) 그런데 효소 또는 단백질을 먹으면 그 단백질은 모두 소화가 되어 아미노산으로 분해되는 것일까요? 물론 대부분의 단백질은 이론적으로 위와 소장에서 분해됩니다. 하지만 생물학에서 100%는 없는 법! 꼭 모든 단백질이 다 그런 것만은 아니고 단백질이 분해되지 않고 그대로 흡수된다는 보고도 있지요. 이와 관련된 가장 큰 논쟁(?..

요즘 효소액(발효액) 때문에 효소가 뭐냐, 몇 종류나 있느냐 등등의 관심이 늘고 있습니다. 효소는 기본적으로 생체내 반응 촉매이고 촉매라는 것은 반응물에 비해 많은 양이 필요하지 않습니다. 효소는 거의 대부분 단백질이고 극히 일부의 RNA도 촉매반응을 하죠. 그래서 반응을 촉매하는 RNA를 Ribozyme (Ribonucleic acid + Enzyme)이라고 합니다. 라이보자임을 발견한 공로로 토마스 체크와 시드니 알트만은 1989년 노벨화학상을 받았죠. 그건 그렇고, 그럼 효소는 모두 몇 종류나 있을까요? 기본적으로 효소는 새로운 반응을 발견할 때마다 발견자가 이름을 마음대로 붙여서 논문을 냅니다. 그래서 그걸 다 조사해서 숫자를 세기는 어렵죠. 하지만 발표는 마음대로 하더라도 전세계 생화학자들에게 ..

효소액과 설탕 관련한 검색으로 이 블로그를 찾으시는 분들이 여전히 많은데요. 그 와중에 어떤 효소액 관련 동호회에서 다양한 제품의 품질 검사를 의뢰한 데이터를 동호회 카페와 블로그에 올려 놓으셨더군요. 그런데 대부분 제품 속 총세균수, 유산균수, 효모수가 너무 적더군요. 보통 10^2 내지 10^3 (CFU/ml)수준이었고 어떤 것은 10^4 CFU/ml 정도 되더군요.(CFU는 그냥 마리 수라고 이해하셔도 무방합니다.) 자, 그럼 효소액은 발효액이라고 볼 수 있을까요? 물론 이 답은 매우 어려운 것이고 정확한 기준은 없는 것으로 압니다만, 이렇게 설명을 해보죠. 미생물은 번식력이 강하기 때문에 조건만 맞으면 기본적으로 엄청나게 자랍니다. 보통 세균의 경우 조건만 맞으면 ml 당 1천만마리에서 1억마리 ..

오늘 아침 네이처에서 온 따끈한 소식이 흥미롭네요. 논문의 제목은 "Obesity-induced gut microbial metabolite promotes liver cancer through senescence secretome" (비만 유도된 장내 미생물 대사산물이 senescence secretome을 통해 간암을 촉진한다)입니다. Secretome이란 분비단백질의 총합(-ome)을 뜻하는 것이고 senescence란 생물학적 노화(biological aging) 정도의 뜻이죠. 비만은 몇가지 암과도 상관관계가 있는데 그 분자 메카니즘은 잘 몰랐었죠. 하지만 이번 일본 연구진은 식이적으로 또는 유전적으로 비만을 유도한 쥐의 경우에 장내 미생물 분포의 변화를 가져왔고, 그 결과 비만한 쥐의 장내 미..

오늘 아침 뉴스에 미국 오레곤 주에서 유전자조작(변형) 밀이 발견되었다는 소식이 나오더군요. (사실 유전자 '변형'이라고 부를 것이냐 '조작'이라고 부를 것이냐도 복잡한 문제인데 거기에 대해서는 제가 전에 경향신문 칼럼에 썼던 글 "변형"과 "조작"사이를 참고해주시기 바랍니다.) 美서 금지 유전자조작 밀..한국 등 수입국 파장 우려 세계 최대 밀 수출국인 미국의 오리건주에서 재배가 금지된 유전자조작 밀이 발견돼 관련 산업 전반에 파장이 예상된다. 미국 밀의 주요 수입국인 한국과 일본 등 아시아 국가들에도 영향이 있을 것으로 외신은 전망했다. 덕분에 예전에 제가 썼던 "유전자 변형 밀(GM wheat)은 있을까요?"라는 글의 조회수가 높아지는군요. 그 때 제가 썼던 내용은 한마디로 "현재 유전자 변형 밀은..

인간게놈프로젝트의 총책임자였던 프란시스 콜린스가 지은 를 얼마 전에 읽었습니다. 그 책에 보면 유전자 시대에 일어날 일들에 대한 설명이 잘 나와 있는데요. 그 중에 대표적인 것이 유전자를 통해 질병의 가능성을 진단하는 것입니다. 그리고 그 예로 바로 안젤리나 졸리의 유방절제 수술 덕분에 유명한 BRCA 변이 유전자를 들고 있습니다. 책의 첫 페이지부터 BRCA1 변이로 고생하는 사례가 나오고 4장 유전자와 암이라는 챕터에서는 매우 상세하게 다루고 있죠. 오늘은 그 이야기를 잠깐만 해보도록 하죠. 1. BRCA란? BRCA란 breast cancer susceptibility gene (유방암 감수성 유전자) 또는 breast cancer predisposition gene (유방암 성향 유전자)를 뜻하는..

우리나라가 설 명절로 쉬고 있는 사이 사이언스지에 흥미로운 논문이 실렸습니다. 유전공학적으로 조작된 대장균을 이용해서 갈조류로부터 바이오에탄올을 만든 논문이죠. 갈조류의 주 탄수화물인 알긴산(alginate)을 대장균은 이용하지 못하는데 Pseudoalteromonas sp.의 alginate lyase 유전자와, 비브리오균(Vibrio splendidus)의 alginate 관련 유전자들, 그리고 Zymomonas mobilis의 에탄올 발효 유전자들을 대장균에 발현시켜 알긴산을 분해, 세포내 이동 시킨 후 에탄올까지 만들어냈다는 것입니다. 여기에 사용된 갈조류는 다시마 (Saccharina japonica)인데 효모를 이용해서 셀룰로스류를 사용했을 때와 거의 비슷한 수율의 에탄올 생산이 가능하다고 하..

예전에 DNA 염기서열 분석 관련해서 속쓰렸던 이야기를 했었는데요. 어제 네이처에 실린 오랑우탄 게놈 비교 논문에 대한 이야기를 듣고 보니까 제가 속쓰렸던 것은 장난이더군요. 연구진들이 첫번째 오랑우탄 한마리의 게놈 분석을 하는데 고전적인 방식(shotgun)으로 2천만불이 들었는데 NGS(차세대염기서열분석방법, Next Generation Sequencing) 방식으로 10마리를 더 분석했고 마리당 2만불 들었답니다. 처음 방법은 BAC 라이브러리를 만들어서 시퀀싱하는 방식이고 그 다음에는 Illumina사의 Genome analyzer를 사용했다고 하네요.^^ 논문의 의미에 대해서는 아래 사이언스타임스 기사가 자세히 소개하고 있으니까 참고하시기 바랍니다. 오랑우탄 DNA, 사람과 97% 일치 (사이언..

이번 NASA(와는 사실 별로 상관없지만)에서 발표한 비소 대사 미생물의 이름이 GFAJ-1입니다. 원래 생물체의 학명은 이명법으로 속명 + 종명으로 써야 하는데 이 균주의 이름은 왜 저 모양인가 했는데 그 뜻은 Give Felisa A Job(펠리사에게 직업을!) 의 약자라고 하네요. 이번 사이언스 논문의 제1저자는 Felisa Wolfe-Simon 박사인데 그 이름의 펠리사라고 합니다. 이와 관련된 감동적인(아니면 가슴아픈?) 이야기가 월스트릿저널 기사에 실렸다고 하는데 그 기사를 소개한 블로그를 참조하시면 좋겠네요. 비정규직 포닥의 안타까움에 마음이 다 싸~합니다. 포닥만 10년 할뻔 했던 저니까요.^^ 그래도 제 은사님이 언제나 말씀하셨던 "미생물은 창의력을 가지고 노력하는 자를 배반하지 않는다...

이거 어쩌다 보니 마치 제가 무슨 밀 옹호론자가 되어버리는 느낌인데 사실 저는 고깃집에서도 꼭 밥을 따로 시켜먹는 밥돌이랍니다. 빵으로 식사를 때우는 것은 제게 있을 수가 없는 일이죠. ^^ 그나저나 대부분의 댓글들은 그냥 넘어가는 것이 상책이지만 수입밀의 99%가 유전자 변형 밀 (Genetically Modified Wheat, GM wheat)이라느니 하는 어처구니 없는 이야기가 나와서 한마디만 코멘트를 하자면 현재 유전자 변형 밀은 세상에 팔리고 있지 않습니다. 연구를 하는 사람들은 있지만 상업적으로 경작되는 곳도 없어요. 몬산토에서 2004년에 신청을 했다가 철회를 했습니다. GMO 관련해서는 GMO compass라는 곳의 GMO database를 참고하시기 바랍니다. 현재 115종의 GMO가 ..

2010년 지는 직업ㆍ뜨는 직업 ▶이런 직업 뜬다=사회의 고령화, 정보기술(IT)의 진보, 기후변화의 심화는 새로운 직업을 발굴해낸다. 특히 기후변화에 따른 새로운 질병의 유행은 이런 임팩트를 더욱 크게 한다. 이런 점에서 바이오신약 개발자, 태양광발전 연구원 등은 기술의 진보로 성장성이 높을 전망이다. ▷바이오신약 개발자=생명공학의 발전이 가져올 기술 진보는 이 분야의 신약 연구원의 직업적 비전도 덩달아 고양시킨다. 우리나라에서 신약개발은 최고의 낚시이자 계륵이라는 생각을 하게 됩니다. 점점 안전성에 대한 규제는 많아지고 새로운 물질을 찾기는 어려워지죠. 그래서 제네릭이니 바이오 시밀러 같은 것에 더 관심을 보이고, 심지어 삼성도 바이오시밀러를 한다는 것 아닙니까. 게다가 반대 쪽에서는 이젠 신약이 아..

돼지껍질 콜라겐, 뼈 성장에도 좋아요 피부에 좋다고 알려진 돼지껍질 속의 콜라겐이 뼈 성장에도 효과가 있다는 연구결과가 나왔다. (중략) 펩타이드 형태의 콜라겐을 첨가한 조골세포는 아무 것도 첨가하지 않은 것에 비해 44%, 콜라겐을 고분자 형태 그대로 첨가한 것에 비해 40% 세포증식 효과가 높게 나타났다. 쥐 실험에서는 저 분자 콜라겐인 펩타이드를 5일 동안 먹은 쥐는 대퇴부의 장골길이가 468um(1um은 1mm의 1,000분의 1) 길어졌다. 가공하지 않은 콜라겐을 먹은 쥐가 406um, 일반 먹이를 먹은 쥐가 404um 성장한 것에 비해 펩타이드 형태 콜라겐이 키 성장에 가장 큰 효과가 컸다. 실험에서 가장 중요한 것은 무엇일까요? 식품연구자들이 가장 자주 실수하는 것은 무엇일까요? 저는 비교 ..