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이전 바이오텍 카테고리/MolBiol Programs5

Primer Design에 필요한 프로그램 일단 PCR에서 제일 중요한 것이 프라이머 디자인이지요. 프라이머 디자인을 하려면 원본 서열이 있어야 하고 그 서열에서 증폭하고자 하는 양 말단의 서열을 서로 반대방향으로 20mer 내외의 길이로 만들어야 합니다. 그런데 잘 만들어도 PCR이 잘 안되는 경우가 있는데, 그럴 때 중요하게 생각하는 것이, 1) Tm (melting temperature) 2) GC content 3) Hairpin 구조 형성유무 4) Self dimer 형성 유무 등입니다. 이러한 프라이머의 패러미터들을 계산해주는 프로그램은 많이 나와 있는데, 그 중에서 제가 가장 좋아하는 프로그램은 아래의 두가지 입니다. 그냥 쉽게 사용할 수 있지요. Oligonucleotide Properties Calculator Oligo Calc.. 2009. 1. 16.
DNA sequence manipulation 프로그램 요즘 방학이라 학생들에게 기본적인 실험을 가르치기 위해서 예전에 사용했던 온라인 프로그램들을 다시 둘러보고 있습니다. 그 중에서 DNA 염기서열을 바꿔주는 가장 기본적인 프로그램을 하나 소개합니다. 보통 프라이머 디자인 할 때 reverse 프라이머의 경우 기존 서열의 inverse complement를 이용해서 많이 디자인합니다. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/manip/index.html 사용방법은 아래 그림에서 보시는 바와 같이 아주 간단합니다. 위의 공란에 DNA 서열을 copy and paste 하거나 타이핑한 후에 4가지 버튼 (inverse complement, inverse, complement, double-stranded) 중 하나를 누르면 거기에.. 2009. 1. 16.
분자생물학관련 단백질, DNA 농도 변환 프로그램 분자생물학과 관련된 프로그램 중에 아래의 사이트에 소개된 프로그램은 여러가지로 유용합니다. 1. Conversion: weight - moles (for proteins). 분자량을 알고 있는 단백질의 농도를 측정한 다음 그 무게와 농도를 변환해 주는 프로그램입니다. 2. Conversion: weight - moles (for nucleic acids). DNA, RNA 등 핵산의 길이와 농도를 변환해주는 프로그램입니다. 3. Conversion: DNA - protein. 유전자의 길이와 단백질의 분자량을 추정해주는 프로그램입니다. 사실 이건 간단한 계산이죠.^^ 4. Conversion: molar quantity - molar concentration. 몰 농도와 몰랄농도의 변환 프로그램입니다. .. 2007. 6. 9.
단백질 등전점이나 분자량 구하는 프로그램 의외로 제 홈페이지를 찾으시는 분들의 상당수가 등전점에 대한 검색을 하시는 분들이더군요. 그 중에 등전점 구하는 방법을 찾는 분들이 꽤 계시던데 간단한 방법을 알려드리죠. 단백질의 여러가지 parameter들을 구하는 프로그램은 수없이 많이 나와있습니다. 그런 프로그램을 자기 컴에다 깔아놓고 쓰시는 분들도 많지만 저는 그냥 온라인 상에서 이용할 수 있는 프로그램을 선호합니다. 그 중에서 제가 가장 애용하는 프로그램은 ExPASy의 ProtParam입니다. 일단 위의 사이트에 접속하시면 다음과 같은 화면이 뜹니다. 저 첫번째 입력창은 무시하셔도 상관없고 두번째 창에 아미노산 시퀀스를 갖다 붙이세요. 물론 one character로 된 시퀀스여야 합니다. 그리고 compute parameters를 누르시면 .. 2007. 4. 3.
MASS로부터 단백질의 post-tanslational modification 예측하기 분자생물학의 발전이 DNA 염기 서열 분석법과 함께 급속도로 발전을 했다면 최근에 질량분석법(MASS spec)의 발전은 단백질체학 및 관련 분야의 발전에 큰 공헌을 하고 있습니다. 보통 단백질을 정제해서 MASS를 찍으면 우리가 계산한 단백질의 분자량과 약간 다르게 나오는 경우가 많은데 그런 경우는 유전자의 변이가 생겼거나 아니면 post-tanslational modification이 일어난 경우일 것입니다. 아래의 사이트는 실제로 얻은 분자량이 이론적인 분자량과 다를 경우 어떤 post-tanslational modification이 일어났는지를 예측할 수 있도록 만들어 놓은 reference들 입니다. 분자량의 차이를 입력하고 확인하실 수도 있고 아니면 밑의 more를 누르시면 전체 referen.. 2007. 3. 19.