예전에 DNA 염기서열 분석 관련해서 속쓰렸던 이야기를 했었는데요. 어제 네이처에 실린 오랑우탄 게놈 비교 논문에 대한 이야기를 듣고 보니까 제가 속쓰렸던 것은 장난이더군요. 연구진들이
첫번째 오랑우탄 한마리의 게놈 분석을 하는데 고전적인 방식(shotgun)으로 2천만불이 들었는데 NGS(차세대염기서열분석방법, Next Generation Sequencing) 방식으로 10마리를 더 분석했고 마리당 2만불 들었답니다. 처음 방법은 BAC 라이브러리를 만들어서 시퀀싱하는 방식이고 그 다음에는 Illumina사의 Genome analyzer를 사용했다고 하네요.^^ 

논문의 의미에 대해서는 아래 사이언스타임스 기사가 자세히 소개하고 있으니까 참고하시기 바랍니다. 



Posted by 바이오매니아

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  1. Favicon of http://medialab.egloos.com BlogIcon Newbie 2011.01.28 05:58  댓글주소  수정/삭제  댓글쓰기

    그런데 어차피 처음에 BAC Library 및 Sanger Sequencing 을 통하여 고품질의 레퍼런스 지놈을 만들어 두었기 때문에 이 레퍼런스 시퀀스에 NGS 결과를 align 하는 방식으로 그리 어렵지 않게 나머지 10마리의 시퀀스를 얻을 수 있었겠지요. 레퍼런스 지놈이 없었다면 현 수준의 NGS 데이터만 가지고는 고품질의 지놈 어셈블리를 얻기 힘듭니다. (illumina 데이터는 아직도 read 당 길이가 100bp 정도로 sanger 방식의 시퀀스에 비해서 짧아서 어셈블리에 어려움이 있습니다)

    즉 처음의 2천만불은 어차피 한번은 들여야 하는 돈이므로 별로 아까워할 필요가 없다는 이야기였습니다. :)

    • Favicon of https://biotechnology.tistory.com BlogIcon 바이오매니아 2011.01.28 06:18 신고  댓글주소  수정/삭제

      맞는 말씀이긴 한데 이미 사람이나 침팬지 등 영장류 지놈을 레퍼런스로 해서 분석하고 많이 다른 부분만 따로 해도 되지 않았을까요? 그래서는 네이처에 싣기는 어려웠을지도 모르겠지만요.

    • Favicon of http://openlook.org/ BlogIcon 담요 2011.01.29 00:11  댓글주소  수정/삭제

      지금 다시 시작한다면 팬더처럼 short read fragment sequencing과 다양한 길이의 mate-pair library로 대충 시퀀싱한 다음에 gap filling만 했다면 BAC library 전체를 구축해서 Sanger sequencing하는 것보다 훨씬 돈을 절약할 수 있지 않았을까요. 주인장께서 말씀하셨듯이, 제법 가까운 종의 레퍼런스 시퀀스도 있고 하니... 뭐 어차피 시퀀싱 발전과 시간상 안 맞으니까 그냥 해 보는 얘기지만요... ^^;