Pichia pastoris의 geome sequence가 보고되었군요.

이번 주 nature biotechnology의 따끈따끈한 논문입니다.Pichia pastoris의 geome sequence가 발표되었는데요. Pichia는 효모의 일 종으로 몇 안되는 commercially available eukaryotic expression host입니다. 보통 methanol로 induction하고 과거에는 발현 시스템을 invitrogen에서 판매를 했었는데 요즘에는 정확히 모르겠습니다. (찾아보니 Pichia.com 이라는 곳이 있네요.)

보통 단백질을 발현하고자 할 때 제일 먼저는 대장균에서 발현하지만 진핵생물의 단백질은 잘 발현이 안됩니다. 발현이 된다고 해도 원래의 단백질이 glycosylation이 되어 있는 경우가 많은데 대장균은 glycosylation을 시키지 않기 때문에 문제가 되지요. 많은 진핵생물의 단백질들이 glycosylation되지 않으면 활성이 없는 경우가 많습니다. 이러한 단점을 보완해 줄 수 있는 발현 시스템이 바로 Pichia 시스템이죠. 특히 Pichia는 human-type N-glycosylation이 가능합니다. 게다가 Pichia는 단백질을 분비시키는 기능이 있어서 더욱 좋습니다. (그렇다고 모든 단백질이 다 분비되지는 않습니다만.)

새롭게 알게 된 사실인데 Pichia는 염색체가 4개군요. Saccharomyces cerevisiae는 16개의 염색체를 갖고 있는데 의외로 많이 다르네요. 이번에 genome sequencing된 Pichia pastoris는 GS115균주로서 genome 크기는 9.43 Mbp라고 하고 단백질을 코딩하는 유전자는 약 5,313개라고 하는군요. 같은 효모인 S. cerevisiae의 genome size인 12.1 Mbp 보다 꽤 작군요. 참고로 S. cerevisiae 는 16개의 염색체를 가지고 있고 genome 크기는 12,156,677 bp 이고 전체 putative ORF는 6,275개, 실제로는 약 5,800개 정도의 유전자가 있을 것으로 추정^[각주:1]되고 되었습니다. 아마 앞으로 glycosylation 관련해서 comparative genomics 연구를 해보면 재미있는 결과들이 많이 나올 것으로 생각합니다.

Pichia genome sequencing strategy (NATURE BIOTECHNOLOGY VOLUME 27 NUMBER 6 p561)

1. Life with 6000 genes. Science. 1996, 274(5287):546, 563-567. [본문으로]