All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것
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Extremophiles 40

Extremophiles 2010에 안가는 이유???

활주로서 ‘삐끗’ 여객기 위험천만 순간포착 포르투갈 리스본 공항을 출발해 아조레스(Azores) 제도 공항에 착륙하던 A310 여객기가 무사히 활주로에 닿는 순간, 공항에 바람 경보가 울리기 시작했다. 바퀴가 이미 활주로에 내려진 상태에서 맞닥뜨린 난기류에 기체는 심하게 중심을 잃었고, 기내의 승객 140여명도 순식간에 큰 위기를 맞았다. 그러니까 지금 저 비행기가 미끄러진 곳이 바로 국제극한미생물학회 2010년 미팅 (Extremophiles 2010)이 열리는 아조레스 제도라는 것이죠. 위험해 보여서 아무래도 안가는 것이 좋을 것 같아요. 흑흑...

Extremophiles 2010이 열리는 장소

이제 국제극한미생물학회 2010 (Extremophiles 2010)이 한달 정도 남았네요. 언제나 가보고 싶은 학회지만 올해는 주저주저하고 있습니다. 그 이유는 이번에 열리는 곳이 포르투갈의 아조레스이기 때문입니다. 처음에 포르투갈에서 열린다고 했을 때는 좋아했지요. 덕분에 유럽에 가보게 생겼구나 하구요. 하지만 포르투갈의 아조레스를 지도에서 보고는... 아연실색... 이건 뭐 극과 극이군요. 2008년에 남아공에서 했을 때는 그래도 비행기편이 나은 편이었는데 이건 뭐 어떻게 가야할 지도 잘 모르겠네요. 어떤 분께서는 이런 때가 아니면 언제 저런 곳에 가보겠냐고 하시던데, 아무래도 올해는 패스하게 될 듯...엉엉

메탈로프로테옴, 제 보스가 네이처에 논문을...

이번에 미국에 가서 제 보스인 마이클 아담스 교수를 만났는데 자기네가 네이처에 논문(Microbial metalloproteomes are largely uncharacterized. Nature. 2010 Jul 18.)을 냈다고 기뻐하더군요. 1990년대 중후반에 사이언스에는 몇 번 논문을 냈었는데 네이처는 처음인 것 같습니다. 그때 사이언스에 냈던 것 중에 텅스텐을 가지고 있는 단백질에 대한 것이 있었는데 이번에도 그것과 관련있는 논문이네요. 이번 논문의 내용은 미생물의 메탈로프로테옴에 대한 것인데요. 가장 큰 의의는 메탈 분석을 genome scale로 했다는데 있습니다. 그 결과 아키아의 단백질 중에 위에서 이야기한 텅스텐 뿐만이 아니라 다른 중금속을 이용하는 단백질들이 다양하게 존재한다는 것을..

가장 깊은 심해저 화산열수구가 발견 되었네요

가장 깊은 심해 화산열수구 발견 (사이언스타임스) 영국 해저 탐사팀이 알려진 것 중 가장 깊은 해저화산열수구를 발견해 최초로 탐사했다.이번 탐사 책임자인 존 코플리는 지난 6일 카리브해 케이먼 트로프 지역의 수심 5천미터 이하 해저 협곡에서 해저화산열수구를 발견했다고 밝혔다.이는 지금까지 발견된 것 중 가장 깊은 곳에 위치한 심해 화산열수구이다. (중략) 이 화산열수구 해저에서는 해수가 지층 아래 뜨거운 곳까지 스며들어가 가열된 후 다시 찬 심해 해저로 방출돼 해수 온도가 섭씨 4백도에 달한다. (중략) 이곳은 그러나 수압이 기압의 500배에 달해 고온에도 불구하고 물이 끓지 않는 등 특이한 환경을 이루고 있다. (중략) 이곳에서는 눈먼 새우와 거대한 흰게, 붉은 띠를 두른 큰 튜브웜 등 이색적인 생물체..

한국과학자, 세계최초로 고세균서 유사단백질 발견

한국과학자, 세계최초로 고세균서 유사단백질 발견 (사이언스 타임즈) 창원대는 이 학교 출신 임재민 박사(현 미국 조지아대 연구원)가 세계최초로 고세균(古細菌,Archaea)에서 유사 단백질(Ubiquitin-like Protein)을 발견했다고 13일 밝혔다. 창원대에 따르면 임 박사는 진화 초기단계의 미생물인 고세균에서 단백질 분해와 기능을 조절하는 유사 단백질을 발견했으며, 이와 관련한 임 박사의 논문은 영국 과학전문지 네이처(Nature) 1월호에 주요 논문으로 게재됐다. 지난 주 네이처 Alert를 자세히 보지 않았는데 거기에 위와 관련된 논문이 실렸더군요. 아래의 논문입니다. 네이처 사이트를 보시려면 여기를 클릭하세요. 저 논문의 저자인 임재민 박사님은 제가 미국에 있을 때 저랑 같은 연구소에 ..

올해 노벨화학상과 극한미생물

이미 아시다시피 올해 노벨 화학상은 원핵생물 리보좀(ribosome)의 3차 구조를 밝히는데 공헌한 3명의 과학자들에게 돌아갔습니다. 인도출신 미국인인 영국 MRC 랩의 벤카트라만 라마크리슈난 (Venkatraman Ramakrishnan) 박사와 미국 예일대의 토머스 슈타이츠 (Thomas A. Steitz) 교수, 이스라엘 와이즈만 연구소의 아다 요나스 (Ada E. Yonath) 박사가 그들입니다. 가끔보면 왜 생물학 연구를 한 사람들이 화학상을 받느냐는 이야기를 하시는 분들이 계신데 이들의 연구는 X-ray crystallography 방법을 이용한 것으로 화학과 물리의 융합분야입니다. 하지만 단순하게 X-ray crystallography 방법론만 연구한 것이 아니었기에 물리학이라기 보다는 화학..

바이오에탄올 연구하시는 분들이 주목할 만한 논문

Genome Sequence of the Anaerobic, Thermophilic and Cellulolytic Bacterium Anaerocellum thermophilum DSM 6725. (Journal of Bacteriology, 2009) Anaerocellum thermophilum DSM 6725 is a strictly anaerobic bacterium that grows optimally at 75 degrees C. It uses a variety of polysaccharides, including crystalline cellulose and untreated plant biomass, and has potential utility in biomass conversion. H..

극한미생물로 바이오수소 생산의 길 열린다

심해 미생물로 바이오수소 생산의 길 열린다초고온성 고세균 이용 바이오수소 생산 지금까지 알려진 다른 미생물의 최소 2배인 8개의 수소화효소군(hydrogenase cluster)을 보유, 단위당 수소추출량이 훨씬 클 뿐만이 아니라 일산화탄소, 전분, 개미산 등 다양한 기질(먹이)을 이용하여 바이오수소를 생산을 하는 기술이 순수 국내 기술로 개발됐다. 한국해양연구원(원장 강정극) 해양·극한생물분자유전체연구단(단장 김상진)의 이정현, 강성균 박사팀이 지난 2004년부터 국토해양부 R&D사업으로 추진 중인 해양생명공학기술개발사업의 일환으로 개발에 성공한 이 기술은 국내 최초로 남태평양의 심해 열수구에서 분리해 낸 초고온성 고세균 NA1(써모코커스 온누리누스 Thermococcus onnurineus NA1)의..

올해의 극한미생물 관련 학회들

올해 열리는 극한미생물 관련 학회는 두가지 입니다. 하나는 중국 베이징에서 열리는 Thermophiles 2009 meeting이구요. 다른 하나는 Gordon Research Conference (GRC)의 Archara meeting입니다. 아직 Thermopiles 2009 meeting은 프로그램이 확정되지는 않은 것 같습니다. 홈페이지는 만들어졌군요. 기간은 8월 16일에서 21일까지이고 주제는 예년과 비슷하게 - Evolution and the origin of life - Diversity and ecology - Genomics and metagenomics - Genetic mechanisms - Physiology and metabolism - Environmental adaptatio..

세계기록이 깨졌군요, 122도에서 자라는 Methanopyrus kandleri

이번 주엔 부산 벡스코에서 열리는 The 8th Asia-Pacific Marine Biotechnology Conference에 참석하고 있는데요. Frank T. Robb 박사의 기조강연을 듣다보니 몇 달 전에 일본 그룹에 의해서 최고온에서 자라는 미생물이 바뀌었다는 겁니다. 과거에는 UMASS의 데렉 러블리 교수팀의 strain 121이었는데, 122도에서 자라는 hyperthermophilic methanogen Methanopyrus kandleri strain 116 이 그 자리를 빼았았더군요. Cell proliferation at 122°C and isotopically heavy CH4 production by a hyperthermophilic methanogen under high-p..

극한미생물연구의 시작 - 특수환경미생물의 탐색과 응용

우연히 예전 자료를 들추다가 극한미생물에 관심을 본격적으로 갖게해준 한 심포지움 팜플렛을 찾았습니다. 1996년 8월에 연세대학교 생물산업소재연구센터 주관으로 열린 이라는 심포지움입니다. 과문하지만 제 기억으로 우리나라에서 극한미생물만을 대상으로 열린 첫번째 심포지움이 아니었나 싶습니다. 그 이전까지 간헐적으로 극한미생물 또는 극한효소에 대한 관심이 계속 있어 왔지만 말입니다. 당시 심포지움에서 사실 저희가 놀랐던 것은 생각외로 많은 분들이 오셨다는 것이었습니다. 특히 그냥 평상복에 턱수염을 기르고 나타나신 한 분을 보고 많은 교수님들이 쩔쩔매던(?) 기억이 새롭습니다. 나중에 알고보니 그 분이 그 유명한 김성호 박사님이셨습니다. 모두들 저 분이 어떻게 여기에 오셨을까, 했었죠. 연사로 모시기도 쉽지 않..

새로나온 리뷰, Archaea의 세포표면 구조

이번 주 Journal of Bacteriology에 미니리뷰가 하나 실렸는데 archaea의 세포표면 구조에 관한 리뷰입니다. 제목은 "Cell Surface Structures of Archaea"이고 네덜란드의 Ken F. Jarrell 교수팀 등이 쓴 논문이군요. 아마 고세균에 관한 연구를 하는 사람들에겐 좋은 자료가 될 것 같습니다. 위 그림은 Methanococcus voltae를 모델로 한 플라젤라 그림인데 glycosyl transferase들은 밝혀졌는데 flippase는 아직 밝혀지지 않은 모양입니다. 그림이 잘 그려진 리뷰를 보는 즐거움은 논문 읽는 맛을 배가시키죠. 관심이 있으신 분들은 한 번 읽어보시면 좋을 것 같네요. "Cell Surface Structures of Archae..

초고온성 극한미생물 omics 연구 및 유용소재 개발

이번 한국미생물생명공학회 뉴스레터인 에 실린 "초고온성극한미생물 omics 연구 및 유용소재 개발" 이라는 리뷰를 올립니다. 혹시나 홈페이지에 pdf 가 올라올까 싶어 여지껏 기다렸는데 2007년까지만 올라오고 그 이후로는 업데이트가 안되는 것 같네요. 저자는 한국해양연구원 이정현 박사님 팀입니다. 관련 연구를 하는 사람에게는 필요한 리뷰입니다. 나머지는 접어 놓을테니 필요하시면 펼쳐서 보십시오.

Extremophiles 2008 at Cape Town, South Africa

Extremophiles 2008이 열리는데 지금 가야하나 말아야 하나 몇 일째 고민중입니다. 비행기값만 140만원에 등록비 70만원, 숙박비 50만원, 기타 등등... 그래도 또 언제 저런데 가보겠냐는 맘으로 가기엔... 하지만 포스터 abstract를 제출했으니 이제 와서 안가겠다고 할 수도 없고. 올해엔 그래도 포항공대 이선복 교수님께서 발표를 하시는군요. 아래는 프로그램 PROGRAMME This programme is provisional SUNDAY 7 September SESSION 1 : PLENARY SESSION 1 MONDAY 8 September SESSION 2 : Keynote Presentations 09.00 Mesophilic crenarchaeota are not Cren..

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