All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것

제가 현재 근무하는 University og Georgia의 CCRC (Complex Carbohydrate Research Center)는 미국에서 당생물학 및 탄수화물화학으로 특화된 거의 유일한 연구센터입니다. 매년 5월이면 이곳에서 Annual Georgia Glycoscience Symposium이 열리는데 지난 주에 그 세번째 심포지엄이 열렸습니다. 아래는 그 프로그램입니다. 외부 초청 연사 5명이 왔는데 제 개인적으로는 기드온 데이비스의 Glycosyltransferase의 구조 및 메카니즘에 대한 강연이 제일 재미있었고 (제 연구랑 관련이 되니까요) Heather Desaire 교수의 숨쉼틈없이 하이톤으로 이어진 열정적인 강연이 기억에 남습니다. 한국에서 유명하다는 제리 하트 (Gerald ..

이번 주 네이처에 흥미로운 논문이 하나 소개되었습니다. 키틴에 의한 면역반응과 천식에 관한 논문이었는데요. Chitin induces accumulation in tissue of innate immune cells associated with allergy p92 Nature. 2007 May 3;447(7140):92-6 Tiffany A. Reese, Hong-Erh Liang, Andrew M. Tager, Andrew D. Luster, Nico Van Rooijen, David Voehringer & Richard M. Locksley Full Text | PDF (821K) | 여기서 잠깐! 키틴이 천식을 일으키는군, 새우나 랍스터를 먹으면 안되겠네, 이런 생각을 하시면 좀 오버하시는 겁니다..

이번 주 네이처의 Nature Insight Review 섹션에 실린 특집을 보다보니 2001년 사이언스 특집을 생각하지 않을 수 없군요. 그동안 6년가까이 흐르면서 리뷰를 쓴 사람들이 좀 바뀌기도 했네요. 스크립스의 웡(Chi-Huey Wong)이나 버톨찌 (Carolyn R. Bertozzi), 로라 키슬링, 마커스 애비 (Markus Aebi) 등은 여전히 이 분야 최고의 인물들이죠. 전부 프린트해서 다시 한 번 읽어봐야 겠습니다. 아, 그리고 당생물학 관련 자세한 정보를 설명한 아래 사이언스사이트도 유용하니까 참고하세요. http://www.sciencemag.org/feature/data/carbohydrates.dtl#glycdata Carbohydrates and Glycobiology Ci..

방금 전에 받은 이번 주 네이처의 특집 (Insights)이 당생물학에 관한 내용이 실렸더군요. 제가 근무하는 CCRC (cpmplex Carbohydrate Research Center)에 왔던 사람들이 여럿있군요. Hung-wen Liu, Jeffrey D. Esko, Peter H. Seeberger, Ajit Varki 등등 나름 이 분야의 개척자들입니다. 일독을 해야겠습니다. Insight: Glycochemistry & Glycobiology - Produced with support from: Insight: Glycochemistry & Glycobiology Glycochemistry & Glycobiology p999 Joshua Finkelstein doi:10.1038/446999a..

단백질이 만들어지는 translation 과정의 첫번째 아미노산은 Met (methionine)입니다. 보통 Eukayrotes의 경우는 methionine이고 prokaryotes의 경우는 N-formyl-Met (fMet)이죠. 하지만 실제 단백질이 다 만들어진 다음에 보면 첫번째 아미노산이 Met이 아닌 경우가 많습니다. 대장균의 경우는 약 50%이상의 단백질에서 첫번째 아미노산이 Met이 아닌 다른 아미노산이 발견된다고 합니다. 이렇게 N-terminal Met이 잘라져 나가는 현상을 N-terminal Methionine Excision (NME)하고 하는데 거의 모든 생물종에서 나타나는 현상입니다. 이와 같이 translation 후 단백질이 functional form으로 변하는 과정을 pr..

이번 주 (2007년 4월 16일자) 경제잡지 포춘 (Fortune)에 흥미로운 기사가 실렸습니다. 제목은 The Great Corn Gold Rush 입니다. 닷컴 버블에 빗대어 닷콘 버블 (dot-corn bubble)이라는 용어를 사용하였군요. 최근 바이오에탄올의 붐이 불어서 미국에서 옥수수 값이 두 배로 올랐다고 합니다. 1 bushel (8갤런, 약 35리터)당 가격이 4불정도가 되었는데 2000년도에 비해 두 배 정도 오른 가격입니다. 역대 최고가격은 극심한 가뭄이 있었던 1996년에 bushel당 5불을 했던 것이라네요. 왼쪽의 그림에 잘 나타나 있습니다만 2006년 117억6천만 bushel 생산한 중에서 약 50%는 동물사료로, 19%는 수출, 18%는 바이오에탄올 생산, 11%는 식품용..

이번 주 타임지의 특집은 지구 온난화에 대한 이야깁니다. 지난 번 아카데미 시상식의 주인공 대접을 받았던 앨 고어의 의 반향이 그만큼 큰 것일까요. 그 중에 지구 온난화를 방지하기 위핸 재미있는 연구들이 소개되었는데 눈길을 끈 한 사람이 있었습니다. 이름은 Angela Belcher이고 MIT의 재료공학과, 화학공학과의 교수입니다. (옆의 사진은 지난 아카데미 시상식에 레오와 함께 스탠딩 코미디를 보여줬던, 마틴 스코세지와 함께 최고의 주목을 받았던 앨 고어 전 부통령) Angela Belcher 교수의 연구는 바이러스를 이용한 전기의 생산입니다. 생물전지에 관한 연구는 보통 세균을 이용한 전기생산이 많은 주목을 받았습니다. 메사추세츠 대학의 Derek Lovley 교수팀이 Geobacter라는 세균을 ..

가끔은 너무나 기본적인 것이 생각 안나서 괴로울 때가 있습니다. 쿠마씨 염색의 원리 같은 것이 그렇습니다. 단백질을 전기영동해서 염색할 때 가장 많이 사용하는 염색약이 쿠마씨 염색입니다. 보통 쿠마씨는 "Coomassie Brilliant Blue G 250"이라는 염색약을 뜻합니다. 화학구조는 왼쪽에 보시는 것과 같습니다. (그림은 위키에서 가져왔습니다.) 단백질이 염색이 되는 원리는 이 시약이 단백질의 Arg, Lys이나 aromatic ring이 있는 아미노산 잔기들 (Tyr, Trp, Phe), His등과 결합을 하기 때문이라고 합니다. 조금 더 자세히 말하면 위의 그림에서 보시다시피 쿠마씨는 6개의 phenyl group들과 2개의 sulfonic acid group들을 통해서 단백질과 결합하는..

지난 번 "고릴라의 혈액형은 전부 B형? (혈액형과 당생물학)"에서 썼던 내용인데 오늘 재미있는 뉴스가 있었습니다. 혈액형을 바꿔주는 효소를 미생물에서 발견했다는 뉴스인데요. "A·B·AB형 혈액 O형으로 전환가능" (한국일보) 혈액형 상관없이 수혈 가능해진다 (조선일보) 이 기사들의 원문이 되는 뉴 사이언티스트에 나온 기사도 참고하시고 아예 원문을 보시려면 몇일 기다리셔야 겠습니다. 아직은 4월호가 정식으로 나오진 않았네요. 하지만 학교에 계신 분들인 미리 보실 수 있으실텐데, 학교 도서관이 subscription을 했으면 아래 원문을 눌러서 보시길.... Bacterial glycosidases for the production of universal red blood cells Qiyong P Li..

재미있는 뉴스가 있습니다. "꽃송이버섯’ 항암효과 진실 풀렸다"는 뉴스입니다. 며칠전에는 다른 언론에서도 소개가 된 적이 있습니다. ‘네이처’誌가 주목한 새 항암치료제 ‘꽃송이버섯’ (신동아)[박태균기자의약선] 항암 효과 탁월 베타 글루칸 (중앙일보) 본문중의 일부분만 인용해 보면 베타글루칸의 함량은, 꽃송이버섯(100g당 43.6g). 잎새버섯(15~20g). 영지버섯(8~15g). 느타리버섯(7~12g). 송이버섯(18.1g). 아가리쿠스(11.6g) 등으로 조사되었다고 합니다. 이 뉴스와 관련된 논문은 네이처 이뮤놀로지 지난 1월호에 두 편이 연달아 실렸군요. 네이처에서도 특집으로 다웠다네요. 논문은 나중에 읽어보고 리뷰해보도록 하죠. Dectin-1 is required for -glucan re..

의외로 제 홈페이지를 찾으시는 분들의 상당수가 등전점에 대한 검색을 하시는 분들이더군요. 그 중에 등전점 구하는 방법을 찾는 분들이 꽤 계시던데 간단한 방법을 알려드리죠. 단백질의 여러가지 parameter들을 구하는 프로그램은 수없이 많이 나와있습니다. 그런 프로그램을 자기 컴에다 깔아놓고 쓰시는 분들도 많지만 저는 그냥 온라인 상에서 이용할 수 있는 프로그램을 선호합니다. 그 중에서 제가 가장 애용하는 프로그램은 ExPASy의 ProtParam입니다. 일단 위의 사이트에 접속하시면 다음과 같은 화면이 뜹니다. 저 첫번째 입력창은 무시하셔도 상관없고 두번째 창에 아미노산 시퀀스를 갖다 붙이세요. 물론 one character로 된 시퀀스여야 합니다. 그리고 compute parameters를 누르시면 ..

여러 학회의 동향지들은 의외로 많은 정보들을 잘 다이제스트 해 놓은 경우가 많습니다. 조금 오래된 정보이긴 하지만 화학공학정보연구센터에서 제공하는 전문연구정보 통합검색을 이용하면 알짜배기 정보들을 접할 수 있습니다. 그 중에서 2002년 일본공업신문사 지구환경 8, 9월호에 실린 글을 소개한 , 바이오매스-미국(1) 선진국 중에서 최대의 바이오매스 이용국 바이오매스-미국(2) 바이오매스 이용화학제품의 활동과 영향 이라는 글은 조금 오래된 글이긴 하지만 미국의 바이오매스 이용에 대한 변천사를 보여줍니다. 원문을 보실 분은 위를 클릭하시거나 아래를 참고하시길... 바이오매스-미국 (1) 선진국 중에서 최대의 바이오매스 이용국 미국은 부시정권의 지구온난화대책을 포함한 환경보전에 적극적인 대책을 하고 있지만 최..

개인적으로 석사과정에 입학했던 15년 전에 제가 처음으로 수행했던 연구 프로젝트가 있었는데 당시 동력자원부(동자부)의 과제였습니다. 셀룰로스를 이용하기 위한 셀룰로스 분해효소에 관한 연구였죠. 그 때 유전자 클로닝을 두 달 만에 운좋게(?) 성공하는 바람에 결국은 이 길로 들어섰다고 해도 과언이 아닐겁니다. 셀룰로스는 전세계에서 가장 많이 생산되는 바이오매스이자 매년 그냥 썪어 없어지는 물질입니다. 당시부터 이렇게 버려지는 바이오매스를 이용해서 유용물질을 생산하는 연구에 대한 이야기가 있었지만 솔직히 "그거 해서 진짜로 되겠냐?" 이런 소리도 많이 들었습니다. 그런데 지난 주 사이언스의 뉴스 포커스를 봤더니 결국엔 이십년 이상의 연구들이 결실을 봐서 결국 상용화 단계에 이르렀다는군요. CELLULOSIC..

단백질을 가지고 실험을 하는 것은 DNA work보다 훨씬 더 힘듭니다. 단백질을 순수 정제하는 것은 정말 노가다(?)에 가깝죠. 그래서 많은 이들이 어떻게든 정제를 쉽게 해보기 위해 만들어낸 것이 affinity tag 입니다. 가장 대표적인 것이 6xHis-tag이고 MBP (maltose binding protein), GST, CBP (chitin binding protein) 등등 여러가지가 있습니다. 하지만 이런 tag이나 커다란 단백질이 붙어있으면 여러가지로 방해가 되기 때문에 이 tag을 제거하는 방법들이 고안되었습니다. 아래는 tag 제거에 사용되는 단백질 분해효소들입니다. 제 개인적으로는 TEV protease가 제일 좋더군요. Thrombin이나 PreScission은 좀 문제가 있었..

가끔은 너무나 기본적인 내용이 생각이 안나서 고민을 하게 만드는 경우가 있습니다. 바로 Ni-NTA와 히스티딘의 결합같은 경우가 그런 것인데요. 하긴 저희 랩의 절반은 화학을 전공한 친구들인데 그 친구들도 유기화학하는 방에 물어보라고 했습니다. ^^ 아무튼 그래서 일반화학에서 배운 내용을 간단히 정리합니다. 일단 화학에서 물질간의 결합은 크게 아래와 같이 두가지로 나눕니다. 1) 화학결합 (bonds) 2) 분자간 결합 (상호작용, interactions) 1)의 화학결합은 다시 1-1. 이온결합 1-2. 공유결합 1-3. 배위결합 1-4. 금속결합 2)의 분자간 상호작용은 2-1. 반데르발스힘 (분산력) 2-2. 수소결합 2-3. 쌍극자-쌍극자 상호작용 으로 나눌 수 있습니다. (자세한 내용은 링크한 ..