All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것

이번 주 nature biotechnology의 따끈따끈한 논문입니다.Pichia pastoris의 geome sequence가 발표되었는데요. Pichia는 효모의 일 종으로 몇 안되는 commercially available eukaryotic expression host입니다. 보통 methanol로 induction하고 과거에는 발현 시스템을 invitrogen에서 판매를 했었는데 요즘에는 정확히 모르겠습니다. (찾아보니 Pichia.com 이라는 곳이 있네요.) 보통 단백질을 발현하고자 할 때 제일 먼저는 대장균에서 발현하지만 진핵생물의 단백질은 잘 발현이 안됩니다. 발현이 된다고 해도 원래의 단백질이 glycosylation이 되어 있는 경우가 많은데 대장균은 glycosylation을 시키지..

돼지독감, 짐승 학대한 ‘죗값’ 그래도 생각을 해보자. 사람은 짐승을 너무 학대 했다. 닭은 몸을 움직이기도 어려운 닭장에서 사육된다. 빨리 키워서 팔아먹으려고 하루종일 불을 밝혀둔다. 그래야 쉬지 않고 모이를 쫀다. 부리를 지져버리기도 한다. 소에게는 가축을 도살하고 남은 찌꺼기를 강제로 먹이고 있다. 초식동물에게 ‘동물성’ 사료 다. 전기충격기와 지게차, 물 호스 등으로 괴롭히고 있다. 수퇘지는 태어나자마자 고환이 제거되는 고통 을 참아야 한다. 그래야 고기 맛이 좋아지는 것이다. 물론 마취제 따위는 없다. 좁은 우리에서 숨이 나 겨우 쉬다가 ‘식량’으로 팔려나갈 뿐이다. 어쩌면 사람은 짐승을 학대한 ‘죗값’을 치르고 있다. 나무와 풀이 자랄 땅도 빼앗고 있다. 나무와 풀 마저 사람에게 등을 돌리고 ..

멕시코에서 사람에게 돼지 인플루엔자 (type A-H1N1)가 감염된 사건이 발생해서 전세계적인 주목을 받고 있습니다. 이번에 멕시코에서 돼지 인플루엔자 감염으로 밝혀진 18명 가운데 12명은 올해 미국 텍사스와 캘리포니아에서 발견된 돼지 인플루엔자와 동일한 종인 것으로 알려지고 있습니다. 올해 초 미국에서 보고된 돼지 인플루엔자 감염자는 7명인데 모두 건강하게 회복되었다지요. 그런데 왜 멕시코에서는 사망자가 많은지 모르겠네요. 증상도 구토와 설사 등 보통 독감과는 좀 다른 것 같습니다. 독감은 독한 감기가 아니라 인플루엔자 바이러스에 감염된 증상이라는 이야기는 여러번 했었지요. 인플루엔자 바이러스는 type A, B, C가 있는데 우리가 흔히 말하는 독감바이러스 (인플루엔자 바이러스)는 대부분 type..

오늘 마바리님의 포스팅에서 본 내용입니다. 과당이 간에서만 대사되고 근육에서는 대사가 되지 않는다는 것이죠. 명색이 생화학 담당교수인 제가 보기에는 조금 이상하더군요. 분명히 생화학 교재들에는 과당이 두가지 루트를 통해서 대사된다고 나와 있거든요. 아래에서 보는 두가지 과정입니다. 위 그림의 붉은 점선부분이 해당과정 (glycolysis)인데 두 과정 모두 해당과정으로 들어가지만 서로 다른 효소에 의해 전환된다는 것이죠. 하지만 마바리님께서는 실제로는 간에서는 전환이 일어나지만 근육이나 신장에서는 과당이 해당과정으로 들어가지 못한다고 하시는 겁니다. 왜 그럴까 생각해보니 hexokinase에 힌트가 있더군요. Hexokinase라는 것은 6탄당에 인산을 붙인다는 것인데 과당에 특이적이 아니라는 것이죠. ..

Genetic Tests For Newborns Now Widespread 미국 시사주간지 타임에서 이번 보도한 내용입니다. March of Dimes report 에 따르면 미국에서 신생아가 태어날 경우 총 29가지 질병에 관한 검사를 하게 되는데 50개 주에서 모두 하는 것은 21종이고 나머지 8종은 주에 따라 다르다고 합니다. 그래서 미국 신생아의 96%가 태어나자 마자 이런 저런 검사를 받고 있다는 뉴스입니다. 영화 GATTACA의 세상이 점점 열리고 있는 것일까요? 29가지 질병은 크게 나누면 아미노산 대사 이상, 유기산 대사 이상, 지방산화 대사이상, 헤모글로빈관련, 그리고 기타 이렇게 5가지로 나눌 수 있는데 좀 더 자세한 내용은 아래와 같습니다. 대개가 다 수만에서 10만명에 한 명 정도 ..

계란에 혈압 낮추는 성분 있다 캐나다 앨버타 대학 농업-식품-영양학과의 우 젠핑 박사는 계란에서 생성되는 펩티드가 혈압강하제 중 하나인 안지오텐신전환효소(ACE) 억제제와 유사한 효과를 일으킨다고 밝힌 것으로 메디컬 뉴스 투데이가 19일 보도했다. 우 박사는 삶은 계란과 프라이 한 계란이 소화과정을 거치면서 위와 소장에 있는 효소들에 의해 ACE 억제제와 비슷한 작용을 하는 여러가지 펩티드가 만들어진다는 사실이 시험관 실험에서 밝혀졌다고 말했다. 계란은 콜레스테롤이 많아서 고지혈증인 사람은 조심해야 하고 고지혈증이면 동맥경화나 고혈압의 원인이 되고 어쩌고 하는 "상식(?)"이 판치는 세상에 계란에 혈압 낮추는 성분이 있다고 하니 놀랍지요? 그래서 사이언스 데일리에는 같은 내용의 기사에 이런 제목을 붙였네..

마이클잭슨 울린 '슈퍼박테리아' 뭐지?사실 황색포도상구균은 사람의 피부나 점막에 군(무리, 집단)을 형성하며 존재하는 가장 흔한 병원성 세균이다. 이 중 메티실린에 내성을 보이는 돌연변이 균이 슈퍼 바이러스인 것이다. 이 바이러스는 대부분 혈류를 통해 감염돼 조직을 파괴하는데, 환자의 10% 정도에서는 세균이 살을 파먹는 증상까지 나타난다. 대부분의 항생제에 강한 내성을 갖고 있기 때문에 치료하기가 쉽지 않다. 뭐 이해는 갑니다만 아직도 세균과 바이러스를 같거나 비슷한 것으로 생각하고 혼동해서 사용하시는 분들이 많은 것 같습니다. 하지만 바이러스와 세균은 천지차이입니다. 작년에 이명박 대통령의 "항균 바이러스" 언급 때문에 썼던 포스트를 참조하시면 바이러스와 세균이 어떻게 다른지 아실 수 있을 겁니다.

갑자기 슈퍼박테리아를 검색해서 들어오시는 분들이 늘었습니다. 아마 제 예전 포스트 "슈퍼박테리아 잡는 강력한 항생제, 꿀"에 대한 바른 이해를 찾아 오신 것 같습니다. 그래서 왜 슈퍼박테리아에 관심이 늘었나 봤더니 이 기사 때문인가 봅니다. 마이클잭슨, 코 성형수술 후유증 ‘슈퍼박테리아’ 감염 충격 '더 선'의 보도에 따르면 마이클 잭슨은 기존 항생제가 통하지 않는 슈퍼박테리아인 메티실린 내성 황색포도상구균(MRSA) 타입 감염증에 걸려 현재 정맥 항생제 치료를 받고 있다. 우리가 흔히 슈퍼박테리아라고 부르는 세균은 뭐 별다른 것이 아니고 식중독균으로 잘 알려진 포도상구균 (Staphylococcus aureus, SA)입니다. 이 녀석은 여러가지 항생제로 쉽게 죽일 수 있는데 점차 항생제가 듣지않는 즉..

일단 PCR에서 제일 중요한 것이 프라이머 디자인이지요. 프라이머 디자인을 하려면 원본 서열이 있어야 하고 그 서열에서 증폭하고자 하는 양 말단의 서열을 서로 반대방향으로 20mer 내외의 길이로 만들어야 합니다. 그런데 잘 만들어도 PCR이 잘 안되는 경우가 있는데, 그럴 때 중요하게 생각하는 것이, 1) Tm (melting temperature) 2) GC content 3) Hairpin 구조 형성유무 4) Self dimer 형성 유무 등입니다. 이러한 프라이머의 패러미터들을 계산해주는 프로그램은 많이 나와 있는데, 그 중에서 제가 가장 좋아하는 프로그램은 아래의 두가지 입니다. 그냥 쉽게 사용할 수 있지요. Oligonucleotide Properties Calculator Oligo Calc..

요즘 방학이라 학생들에게 기본적인 실험을 가르치기 위해서 예전에 사용했던 온라인 프로그램들을 다시 둘러보고 있습니다. 그 중에서 DNA 염기서열을 바꿔주는 가장 기본적인 프로그램을 하나 소개합니다. 보통 프라이머 디자인 할 때 reverse 프라이머의 경우 기존 서열의 inverse complement를 이용해서 많이 디자인합니다. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/manip/index.html 사용방법은 아래 그림에서 보시는 바와 같이 아주 간단합니다. 위의 공란에 DNA 서열을 copy and paste 하거나 타이핑한 후에 4가지 버튼 (inverse complement, inverse, complement, double-stranded) 중 하나를 누르면 거기에..

“커피가 여성 가슴 크기 줄일 수 있다” (원래 KBS 보도였으나 링크가 깨져서 연합뉴스 기사로 대체) 재미있는 뉴스지요? 아니면 좀 황당한 뉴스일 수도 있구요. 한 번 내용을 찾아봐야지 하면서 스크랩 해놓은지 두달이 지나가는 군요. 아무튼 위 기사는 스웨덴 Lund University의 헬레나 젠스트롬 (Helena Jernström) 박사(겠지요? lecturer라는데...)의 연구결과라고 합니다. 아래의 논문으로 기사화가 된 것 같네요. Coffee intake and CYP1A2*1F genotype predict breast volume in young women: implications for breast cancer. 국내 기사에서는 커피와 가슴크기만을 주로 다뤘는데, 사실 이런 연구를 하게..

'소고기·우유' 많이 먹으면 '암' 유발 기전 찾았다. 기사 제목이 좀 선정적입니다만 일단 저 기사에 나오는 내용은 UCSD의 당생물학자 Ajit Varki 교수팀 (바로 Glycobiology의 저자죠) 의 아래 PNAS논문을 가지고 기사화 한 것 입니다. (그런데 저 위의 기사를 읽으면 이해가 되나요? 저는 무슨 이야긴지 도통 모르겠던데요. 덕분에 이 포스팅을 하는 것이지만) Evidence for a human-specific mechanism for diet and antibody-mediated inflammation in carcinoma progression.Hedlund M, Padler-Karavani V, Varki NM, Varki A. Proc Natl Acad Sci U S A. ..

이럴 수가! 타임에서 매년 선정하는 올해의 발명품 50가지가 발표되었군요. 그런데 올해 최고의 발명품은 단돈 399불짜리 유전자 테스트 키트 (The retail DNA test)랍니다. 세상에... 이미 2006년과 2007년 올해의 발명품들에 대해서는 소개한 바가 있었습니다. 2006년에는 올해 노벨생리의학상과 관련된 HPV 백신인 가다실이 health분야에 선정되었었고 2007년에는 유방암 재발진단 키트가 역시 눈길을 끌었었죠. 그렇지만 그 발명품들은 모두 50가지 중의 하나였습니다. 2006년과 2007년 올해의 발명으로 뽑힌 것은 각각 Youtube와 iphone 이었습니다. 그런데 올해는 유전자 키트라니요! 이 키트의 이름은 "23andMe"라고 하는데, https://www.23andme.c..

재미있는 기사입니다. 초록색으로 빛나는, 유전자 조작 형광 고양이 어둠 속에서 녹색 빛을 내는 미국 최초의 '형광 고양이'가 탄생되었다고 23일 애틀랜타 저널 등 미국 언론들이 보도했다. 어둠 속에서 밝게 빛나는 '형광 고양이'는 미국 뉴올리언스에 위치한 오더번 멸종위기 동식물 연구센터의 과학자들이 유전자 조작을 통해 만든 것이다. 대만, 한국 등의 과학자들이 녹색 빛을 내는 형광 돼지, 붉은 빛으로 변하는 고양이 등을 만든 적이 있지만, 미국에서 형광 고양이가 탄생된 것은 이번이 처음이라는 것이 언론의 설명. 저 애틀랜타 저널은 애틀랜타 지역의 신문 이름입니다. Atlanta Journal Constitution, 줄여서 AJC라고 부르죠. 한국에서는 가끔 저널이라고 소개가 되는데 이름이 저널이지 실제..

오늘 연구발표 시간에 한 학생이 질문한 내용입니다. 보통 글루코스와 덱스트로스라는 말을 같이들 쓰는데 그 정확한 차이를 잘 모르는 경우가 많습니다. 간단하게 말하자면 글루코스는 C6H12O6의 분자식을 가지고 있는 아래와 같은 물질입니다. 그런데 글루코스 앞에는 D-, 또는 L-라는 표시가 되어 있는데 이는 글루코스가 사실은 거울상 이성질체 (enantiomer)를 가질 수 있기 때문입니다. 그래서 실제로 글루코스를 합성한다면 두가지 형태로 존재가 가능하고 우리가 그냥 "글루코스"라고 표기한다면 이 둘 중의 어느 형태인지 구분이 안가는 것입니다. 그런데 자연계에서 존재하는 대부분의 탄수화물들은 D-form이고 그래서 자연계에 풍부하게 존재하는 전분이나 셀룰로스를 분해하여 글루코스를 만든다면 그 글루코스는..