All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것

오늘 iGoogle에 뜬 내용입니다. 제가 예전에 포스트했던, 2006년 타임지선정 올해의 발명품에 뽑혔던 "소녀들을 위한 성병예방 백신 가다실"이 곧 국내에 시판된다는 뉴스입니다. 그런데 이전 포스트에서 썼듯이 이 백신은, 성생활을 하고 있는 여성은 이미 바이러스를 가지고 있을 가능성이 높기 때문에 9세에서 26세까지의 여성에서 효과가 있고 특히 sexual debut 이전의 11-12세의 여자아이들이 맞아야 효과가 큽니다. 이 약이 사회적인 문제까지 일으키고 있는데 한국에서는 과연 어떨지 궁금해지는군요. 참고로 최근 CDC에서 발표한 미국 성인들의 sex 관련된 보고서는 아래에 있습니다. http://www.newsmax.com/archives/ic/2007/6/24/95541.shtml 20세 이전..

드디어 DOE에서 펀딩하는 바이오에너지 연구센터 세 곳이 선정되었습니다. 제가 일하는 연구소와 제 보스도 포함이 되어서 아주 좋은 분위기입니다.^^ 그 세곳은 다음과 같습니다. 1. BioEnergy Science Center (BESC) The Oak Ridge National Laboratory, The National Renewable Energy Laboratory, Golden, Colo.; The Georgia Institute of Technology, Atlanta; The University of Georgia, Athens, The University of Tennessee, Knoxville. 등의 연구기관이 참여하고 Diversa (새 이름은 Verenium), Mascoma 등의 ..

PLoS 시리즈에 이어서 또 하나의 open access 저널을 소개할까 합니다. 바로 BMC 시리즈죠. BMC는 BioMedical Central의 준말로서 생물 및 의학 분야의 무료 저널을 발간하고 있습니다. 현재 BMC 시리즈로 발간하고 있는 저널은 62종에 이릅니다. BMC 시리즈는 아니지만 BioMedical Central에서 무료로 공개하는 저널은 176종에 이르구요. 현재까지 BMC 시리즈 중에서 SCI(E)에 등록된 저널은 18개인데 그 임팩트 팩터는 아래와 같습니다. 아직까지는 PLoS에 비해 저조하지만 성장의 가능성이 크다고 봅니다. 왜냐하면 점점 메이저 연구자들 가운데 BMC에 논문을 내는 경우가 많아지기 때문이죠. 현재 BMC 시리즈로 발간하고 있는 저널은 62종을 보시려면 아래를 ..

Diversa는 누가 뭐래도 이쪽 분야의 leading company중의 하나입니다. 그런데 최근 디버사의 주가가 궁금해서 디버사를 찾아보는데 아무리 찾아도 안나오는 겁니다. 그래서 홈페이지에 가봤더니... Dicersa는 간데없고 베레니움이라는 회사가 떡하니 버티고 있더군요. 그리고 그 한 편에 있는 안내글... DIVERSA AND CELUNOL HAVE MERGED TO CREATE VERENIUM, A NEW BIOFUELS INDUSTRY LEADER FOR THE GREEN MILLENNIUM (디버사와 셀루놀은 합병하여 green millennium을 맞이한 새로운 바이오연료 산업리더인 베레니움을 만들었습니다!) 회사의 모토는 "The Nature of Energy" 이군요. 최고로 다양한 ..

아래의 글은 2003년도 MIT review에 실린 세상을 바꿀 10가지 신기술에 나온 Glycomics 부분입니다. MIT review의 10가지 신기술에대해서는 한 번 소개한 바가 있지요. 아래는 2003년 자료입니다. 기사에서는 짐 폴슨을 위주로 소개되었고 버톨찌, 커밍스 등이 그 외의 주요 연구자로 소개되었군요. http://www.technologyreview.com/Infotech/13060/page10/ Glycomics James Paulson, a researcher at the Scripps Research Institute in La Jolla, CA, lifts a one-liter, orange-capped bottle from his desk. The bottle is fille..

[ 편집 ] 분광계본체 분광계본체는 전자 펄스의 발생과 그 조사의 타이밍을 콘트롤 하거나, probe에 검출한 신호를 증폭하여 spectre로서 얻는 심장부이다. 전자 펄스의(기초)원인이 되는 고주파 전류는 수정 진동자 를 사용한 발진 회로에서 만들어진다. 수정 진동자의 발진 주파수는 매우 안정하고 있기 때문에, 이것이 모든 주파수의 기준이 된다. 이 주파수를 본래에 주파수 신디사이저 에 의하 관측 대상 핵의라모아주파수와 위상을 드는 고주파 전류를 만들어 낸다. 이것을 ON/OFF게이트에 의해 꺼내어 목적의 길이의 펄스로 하여, 고주파 앰프에 소정의 전압까지 증폭 해 probe에 보내준다. NMRspectre에 있어서 필요한 정보는라모아주파수의 절대값은 아니고, 기준 주파수와의 차뿐이다. FID는 기준 ..

NMR 분광계의 구성 2) Probe 시료에 대해, 전자파 펄스를 쬐고, 또한 시료의 자석화 벡터의 검출을 행하는 것이 probe이다. 외관은 원통형의 장치의 상부에 투입하는 시료관을 받는 요철이 있다. 이 요철의 주위로 펄스의 조사 및 시그날의 검출을 행하기 위한 코일이 감겨 있다. 사용하는 시료관이 액체용인지 고체용인지, 또한 시료관의 굵기의 차이에 의해 사용할 수 있는 probe는 정해져 버린다. probe는 마그넷 하부 중앙에서 마그넷내로 삽입되고, 필요가 있으면 교환하는 것이 가능하다. probe에는 많은 경우, 2개의 코일이 감겨 있다. 하나는 프로톤과 중수소의 신호로 tuning 되는 코일이다. 다른 하나는 탄소 혹은 기타의 원자(다핵 라고 칭해진다)에 tuning 되는 코일이 되어 있다. ..

며칠전 드디어 2006년 Journal Impact Factor가 발표되었네요. 필요하신분들은 아래의 사이트를 참조해주시기 바랍니다. http://portal.isiknowledge.com/ 상위 20위까지만 한 번 보면 올해의 순서는 Science > Cell > Nature 의 순이네요. 문어발식 확장을 하고 있는 네이처 시리즈를 한 번 보면, Nat Structural Mol. Biol 의 하향세, Nat Biotech.의 강세가 눈에 띕니다. (Nature Methods도 15점대에 근접했다니 리젝트 먹은 논문이 아깝군요...T T) 네이처의 아성에 도전한다는 PLoS 시리즈의 결과는, 확실히 아직은 신생저널의 티를 못벗었네요. 그래도 앞으로 3년 후면 어떻게 될 지 두고봐야겠지요. 저와 관련된 ..

NMR 분광계는 1) 일정 자기장(외부 자기장)을 걸어주는 마그넷, 2) 전자파 펄스의 조사와 시그날의 검출을 행하는 probe, 3) 전자 펄스의 발생이나 조사의 타이밍 등을 제어하는 분광계본체, 4) 데이타 처리를 위한 컴퓨터로 구성된다. 1) 마그넷 외부 자기장을 걸기 위한 자석은, 영구자석이나 초전도자석이 사용된다. 자장이 강력하게 될수록, 스핀 상태간의 에너지 차이가 커지고, 그 점유율의 차가 커지기 때문에 감도가 높아진다. 또 라모아 주파수는 자기장에 비례하기 때문에, 근접한 주파수를 갖는 peak끼리의 분해능도 높아진다. 그때문에 대단히 강력한 자기장을 발생시키는 것이 가능한 초전도자석을 사용하는 장치가 주류가 되어 있다. 자석의 성질을 발생시키는 자기장의 강도는 그 자기장에서의 프로톤의 라..

피관측 원자의 라모아 주파수는 동위원소의 종류와 외부 자기장의 강도에 의해 거의 정해지지만, 동일 동위원소의 원자핵에서도 시료중 각 원자의 자기적 환경에 의해 미세하게 다르기 때문에, 그로부터 분자 구조 등에 관한 정보가 얻어진다. 하나의 NMR spectre에 관측되는 주파수 범위는 비교적 좁고, 한 종류의 동위원자만의 시료중의 상태를 반영한 것이 된다. 즉 NMR은 동위원소 종류에 선택적인 측정법이다. 분광법이기 때문에 얻어지는 데이타는 횡축이 주파수에, 종축이 강도의 spectre 가 되다. 그러나, 어떤 원자의 공명 주파수는 외부 자기장의 강도에 비례해 변하고, 그 피관측 원자 고유의 성질로는 되지 않는다. 그렇지만, (피관측 원자의 라모아 주파수 - 기준 주파수)/(자기 회전비 × 외부정 자장 ..

핵자기공명 (NMR, Nuclear Magnetic Resonance) 외부의 자기장 (magnetic field)에 놓인 원자핵이 고유의 주파수의 전자파와 상호작용하는 현상이다. 이 고유의 주파수가 분자내에서 그 원자의 환경에 의해 미세하게 변화하는 것을 이용하여 물질을 분석하는 방법을 핵자기공명분광법 라고 부른다. 원자번호와 질량수가 모두 짝수가 아닌 원자핵은 0이 아닌 핵스핀양자수I 와 자기쌍극자모멘트를 가지는데 그 원자는 작은 자석으로 간주할 수 있다. 자석에 대해 자기장을 걸면 자석은 자기장 벡터의 주위를 일정 주파수에 세차 운동 한다. 원자핵도 마찬가지로 자기쌍극자모멘트가 세차 운동을 일으킨다. 이 원자핵의 자기쌍극자모멘트의 세차운동 주파수는 라모아주파수 (Larmor frequency)라고 ..

지난 번 포스트 과학 저널도 문어발 확장 시대? Nature vs PLoS 를 쓰고 났더니 저널 임팩트 팩터를 검색하다가 이 블로그에 오시는 분들이 여러분 계시더군요. 그래서 그 검색어를 따라갔다가 KAIST 이상엽 교수님께서 BRIC과 인터뷰하신 내용을 보게 되었는데 임팩트 팩터에 해당하는 내용만 조금 소개하려고 합니다. Impact factor에 대한 생각 아시아의 과학기술이 너무나 서구 기술에 의해 좌지우지 되는데 대표적인 예가 impact factor이다. 나도 ISI(Institute for Scientific Information)사로부터 "Citation Classic Award"를 받은 사람이기 때문에 이 부분에 있어서는 자신 있게 얘기 할 수 있다. 전 세계가 ISI사하고 일부 과학자들의..

중천을 봤다. 내가 가장 아끼는 후배들, 하나도 아닌 둘과, 관련된 영화고, 영화의 시작 전부터 화제의 중심에 섰었지만 결국 참담한(?) 실패로 끝났던 영화, 중천. 솔직히 말하자면 영화는, “생각보다” 괜찮았다. 여기서 “생각보다”라는 것은, 내가 외국에 있기 때문에 영화보다는 영화평을 먼저보는 관계로 혹평을 받은 경우는 기대 수준을 낮춰잡기 때문이다. 대개 관객평이 좋은 경우의 기대수준이 제일 높고, 평론가 평이 좋은 경우는 중간, 둘 다의 평이 안좋으면 당연히 기대수준이 제일 낮은데, 중천의 경우는 마지막에 해당되었다. (마음 속으로 비교하기로 마음먹은 영화는 . 그러고 보니 비천무도 내 동창의 오빠가 만든 영화였는데, 여러가지로 비슷한 면이 있다. 무협활극에, 비주얼에서 호평받고 스토리로 욕먹고,..

분자생물학과 관련된 프로그램 중에 아래의 사이트에 소개된 프로그램은 여러가지로 유용합니다. 1. Conversion: weight - moles (for proteins). 분자량을 알고 있는 단백질의 농도를 측정한 다음 그 무게와 농도를 변환해 주는 프로그램입니다. 2. Conversion: weight - moles (for nucleic acids). DNA, RNA 등 핵산의 길이와 농도를 변환해주는 프로그램입니다. 3. Conversion: DNA - protein. 유전자의 길이와 단백질의 분자량을 추정해주는 프로그램입니다. 사실 이건 간단한 계산이죠.^^ 4. Conversion: molar quantity - molar concentration. 몰 농도와 몰랄농도의 변환 프로그램입니다. ..

아시는 분은 아시는 대로 과학저널의 양대산맥은 네이처와 사이언스입니다. 거기다가 Cell을 끼워넣어서 CNS라던가 NCS라고 하는 것은 약간 넌센스죠. 셀은 특정 분야의 저널이니까요. 아무튼 최근에 네이처가 심하다 싶을 정도로 문어발 확장을 하고 있습니다. 각종 자매지를 만들고 있는데요, 무려 그 숫자가 몇개인지 아십니까? 맞춰보세요... 정답은 모두 33개입니다!!! 아래는 그 네이처의 자매지들입니다. 재미있는 것은 Nature보다 Nature 리뷰 시리즈가 더 impact factor가 높은 현상을 보여주고 있다는 겁니다. 물론 리뷰 논문은 언제나 피인용되기 싶지요. 그래서 impact factor가 높을 수 밖에 없습니다. 네이처의 자매지들... Nature Nature Biotechnology N..

아래의 내용은 저희 연구소의 Kelly Moreman 교수 연구실에서 운영하는 Biomedical Glycomics 사이트에 나와있는 당쇄 표기법에 대한 pdf 자료를 인용한 내용입니다. 원문을 보실 분은 옆의 링크를 눌러주세요. 3개의 당으로 천개가 넘는 이성질체를 만들 수 있을 정도로 당쇄의 구조는 복잡합니다. 때문에 당쇄의 연결을 표시하는 방법을 통일해야 할 필요성이 있습니다. 아마 당생물학이나 glycoscience관련된 논문을 보다 보면 아래와 같은 당쇄 표기들이 많이 나올 겁니다. 보통 당 (sugar)들의 화학적 연결을 나타내는 표기법인데 위의 linear한 표기를 사용하기도 하고 아래의 2차원적인 표기를 사용하기도 하지요. 하지만 당쇄가 열개가 넘어 수십개에 이르는 경우는 그것을 일일히 적..

저는 야구를 아주 좋아합니다. 그래서 여행을 가면 가능한 한 그 동네의 야구장에 가보려고 노력하고 있습니다. MLB ball park 30군데 다 가보는 것이 제꿈이죠. 하지만 지금까지 가 본 곳은, 아틀란타 브레이브스 터너필드와 볼티모어 오리올즈 캠든 야드였는데 지난 주에 샌프란시스코 자이언츠 AT&T 파크에 다녀왔습니다. 야구장에는 각각의 역사와 특징이 있는데 특별히 야구장 전광판이 눈에 띕니다. 아마 처음 가본 브레이브스 터너 필드의 전광판이 너무 인상적이어서 그랬을지도 모릅니다. 너무나 선명한 전광판에 정신이 팔렸는데, 혹자는 브레이브스 소유자인 CNN의 테드 터너 이름을 본딴 터너 필드이므로 CNN의 우수한 방송 기술로 만들어서 MLB 최고수준이라고도 하더군요. (확인은 못해봤습니다.) (샌디에..

원서 한 권에 몇 백불씩 하는 미국에서는 학생들이 어떻게 공부를 할까, 이런 생각을 하시는 분들이 계실지 모르겠습니다만 요즘 놀라운 것은 중요한 교재들이 온라인에 무료로 공개되고 있다는 것입니다. 그중 대표적인 사이트가 NCBI의 Bookshelf인데 유전학책으로 유명한 Terence A. Brown의 Genomes 2nd Edition도 온라인에 공개되어 있습니다. (링크를 누르시길) 영국 맨체스터 대학 (UMIST)의 교수 브라운은 위의 책 말고도 Gene Cloning이라는 책으로도 유명한데 예전엔 한국 대학의 한학기 정도의 유전공학 과목 교재로 많이 사용되곤 했습니다. 그런데 요즘에는 Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction으로 책이름이 바뀌었군요. 이 ..

대학이 어떤 곳인가에 대해서는 다양한 의견이 있을 수 있을 겁니다. 하지만 누가 무라고 해도 "교육과 연구"는 누구나 중요하게 생각하는 문제죠. 하지만 최근의 경향은, 소위 "좋은 학교"는 "연구중심"대학이라는 분위기가 강합니다. 틀린 이야기도 아니구요. 예전에도 한 번 썼지만 제 생각에는 대학의 교육기능이 너무 무시되지 않나하는 생각을 솔직히 많이 합니다. 그 대표적인 것이 "영어 강의" 같은 것이죠. 단지 영어 때문에 교육의 기능을 상당부분 포기한다는 것은 좀 심한 것이 아닌가 생각합니다. 물론 저같은 사람도 영어로 하라고 하면 할 수는 있습니다. 또 영어를 정말 원어민 못지않게 잘 하시는 분을 본 적도 있습니다. 하지만 영어교재로 강의해도 따라오기 힘든 학생들에게 "대학평가"를 위해서 영어강의를 하..

2. 세균성 극한미생물들 자연계에는 매우 다양한 고온성, 저온성, 호염성, 호산성, 호알칼리성 등등의 극한성 세균들이 존재하는데 이들은 어떤 특정의 계통학적 위치를 차지하지는 않는다. 그러나 계통학적으로 아키아와 가장 가까운 위치를 차지하는 미생물이 Thermotoga와 Aqufax 이다. 여기서는 이 두 종의 미생물들과 자연계에서 가장 흔하게 발견되는 대표적인 극한성 세균들의 특성에 대해 알아보도록 하겠다. 1) Thermotoga maritima 이탈리아 불캐이노 지열지역 (geothermal area)에서 발견된 Thermotoga maritima는 가장 대표적인 초고온성 (최적온도 80C) 혐기세균이다. 전체 ORF의 24%가 아키아 유전자와 유사하기 때문에 아키아와 수평 유전자 이동 (later..

오늘 메일을 받았는데 생명연과 당과학회의 조인트 심포지엄이 열린다는군요. 재미있을 것 같습니다. 한국당과학회의 출범과 더불어 드디어 한국에서도 Glycomics에 대한 관심이 늘어나는 것인가요? 2007 KRIBB-KSG Joint Symposium ■ 인간 지놈 해독을 토대로 일어난 지노믹스 붐에 이어 이제는 바야흐로 다양한 “오믹스 (-omics)" 기술의 시대를 맞이하고 있습니다. 여러 새로운 오믹스 학문 분야 중에서도 제 3의 생체정보 고분자인 "당사슬 (glycan)"을 기반으로 하고 있는 ”Glycomics“ 관련 기초 및 활용 연구는 생물, 화학, 생물정보 및 바이오 나노 등 다양한 분야의 기술들이 통합 활용되는 융합연구 모델로서 또한 21세기를 변화시킬 10대 태동기 기술 중의 하나로 최근..

제가 현재 근무하는 University og Georgia의 CCRC (Complex Carbohydrate Research Center)는 미국에서 당생물학 및 탄수화물화학으로 특화된 거의 유일한 연구센터입니다. 매년 5월이면 이곳에서 Annual Georgia Glycoscience Symposium이 열리는데 지난 주에 그 세번째 심포지엄이 열렸습니다. 아래는 그 프로그램입니다. 외부 초청 연사 5명이 왔는데 제 개인적으로는 기드온 데이비스의 Glycosyltransferase의 구조 및 메카니즘에 대한 강연이 제일 재미있었고 (제 연구랑 관련이 되니까요) Heather Desaire 교수의 숨쉼틈없이 하이톤으로 이어진 열정적인 강연이 기억에 남습니다. 한국에서 유명하다는 제리 하트 (Gerald ..

매년 타임이 선정하는 영향력있는 100인 리스트가 올해에 화제입니다. 미국 대통령인 죠지 부시가 빠졌고 공화당의 대선후보군들도 모두 탈락한 가운데 배럭 오바마가 첫 타자로 소개되고 힐러리 클린턴, 낸시 펠로시, 게다가 사이언티스트 & Thinker 섹션에 앨 고어까지 소개가 되었습니다. 뭐 정치적인 이야기를 이곳에서 하려는 것은 아니고, The Time 100에는 다섯가지의 카테고리가 있는데 1) Leaders & Revolutionaries 2) Artists & Entertainers 3) Scientists & Thinkers 4) Builders & Titans 5) Heroes & Pioneers 이렇게 다섯개입니다. 저 위의 그림에 나온 리스트가 안보이시는 분들을 위해 리스트를 공개하면, 위와..

(사진출처: 한겨레신문) 오늘 자 한겨레신문에 재미있는 기사가 실렸습니다. 뭐 이미 사이언스에서 다루었던 cellulosic ethanol에 대한 내용인데요. 덴마크의 "바이오가솔"이라는 회사를 방문해서 쓴 기사인가 봅니다. 기사에서는 "덴마크공대 구내에 위치한 이곳은 이른바 ‘제 2세대 바이오에탄올’을 생산하는 세계 최초의 공장"이라고 하는데 정말인지는 잘 모르겠습니다. 기사에 따르면 "덴마크공대 비르깃 아링 교수는 지난해 차세대 바이오에탄올 생산법을 개발한 뒤, 직접 이 벤처기업을 차렸다"는데 이미 지난 번 포스트에서 봤듯이 미국에선 6개 회사에 DOE의 펀드를 받아 상업적 생산에 들어갔거든요. 아무튼 "이 회사가 바이오에탄올을 만드는데 쓰는 원료목록에는 이밖에 볏짚, 밀집, 버드나무, 옥수숫대, 당..

이번 주 네이처에 흥미로운 논문이 하나 소개되었습니다. 키틴에 의한 면역반응과 천식에 관한 논문이었는데요. Chitin induces accumulation in tissue of innate immune cells associated with allergy p92 Nature. 2007 May 3;447(7140):92-6 Tiffany A. Reese, Hong-Erh Liang, Andrew M. Tager, Andrew D. Luster, Nico Van Rooijen, David Voehringer & Richard M. Locksley Full Text | PDF (821K) | 여기서 잠깐! 키틴이 천식을 일으키는군, 새우나 랍스터를 먹으면 안되겠네, 이런 생각을 하시면 좀 오버하시는 겁니다..