All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것
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전체 글 892

중천

중천을 봤다. 내가 가장 아끼는 후배들, 하나도 아닌 둘과, 관련된 영화고, 영화의 시작 전부터 화제의 중심에 섰었지만 결국 참담한(?) 실패로 끝났던 영화, 중천. 솔직히 말하자면 영화는, “생각보다” 괜찮았다. 여기서 “생각보다”라는 것은, 내가 외국에 있기 때문에 영화보다는 영화평을 먼저보는 관계로 혹평을 받은 경우는 기대 수준을 낮춰잡기 때문이다. 대개 관객평이 좋은 경우의 기대수준이 제일 높고, 평론가 평이 좋은 경우는 중간, 둘 다의 평이 안좋으면 당연히 기대수준이 제일 낮은데, 중천의 경우는 마지막에 해당되었다. (마음 속으로 비교하기로 마음먹은 영화는 . 그러고 보니 비천무도 내 동창의 오빠가 만든 영화였는데, 여러가지로 비슷한 면이 있다. 무협활극에, 비주얼에서 호평받고 스토리로 욕먹고,..

분자생물학관련 단백질, DNA 농도 변환 프로그램

분자생물학과 관련된 프로그램 중에 아래의 사이트에 소개된 프로그램은 여러가지로 유용합니다. 1. Conversion: weight - moles (for proteins). 분자량을 알고 있는 단백질의 농도를 측정한 다음 그 무게와 농도를 변환해 주는 프로그램입니다. 2. Conversion: weight - moles (for nucleic acids). DNA, RNA 등 핵산의 길이와 농도를 변환해주는 프로그램입니다. 3. Conversion: DNA - protein. 유전자의 길이와 단백질의 분자량을 추정해주는 프로그램입니다. 사실 이건 간단한 계산이죠.^^ 4. Conversion: molar quantity - molar concentration. 몰 농도와 몰랄농도의 변환 프로그램입니다. ..

과학 저널도 문어발 확장 시대? Nature vs PLoS

아시는 분은 아시는 대로 과학저널의 양대산맥은 네이처와 사이언스입니다. 거기다가 Cell을 끼워넣어서 CNS라던가 NCS라고 하는 것은 약간 넌센스죠. 셀은 특정 분야의 저널이니까요. 아무튼 최근에 네이처가 심하다 싶을 정도로 문어발 확장을 하고 있습니다. 각종 자매지를 만들고 있는데요, 무려 그 숫자가 몇개인지 아십니까? 맞춰보세요... 정답은 모두 33개입니다!!! 아래는 그 네이처의 자매지들입니다. 재미있는 것은 Nature보다 Nature 리뷰 시리즈가 더 impact factor가 높은 현상을 보여주고 있다는 겁니다. 물론 리뷰 논문은 언제나 피인용되기 싶지요. 그래서 impact factor가 높을 수 밖에 없습니다. 네이처의 자매지들... Nature Nature Biotechnology N..

당생물학에서 사용하는 심볼들 from Biomedical Glycomics

아래의 내용은 저희 연구소의 Kelly Moreman 교수 연구실에서 운영하는 Biomedical Glycomics 사이트에 나와있는 당쇄 표기법에 대한 pdf 자료를 인용한 내용입니다. 원문을 보실 분은 옆의 링크를 눌러주세요. 3개의 당으로 천개가 넘는 이성질체를 만들 수 있을 정도로 당쇄의 구조는 복잡합니다. 때문에 당쇄의 연결을 표시하는 방법을 통일해야 할 필요성이 있습니다. 아마 당생물학이나 glycoscience관련된 논문을 보다 보면 아래와 같은 당쇄 표기들이 많이 나올 겁니다. 보통 당 (sugar)들의 화학적 연결을 나타내는 표기법인데 위의 linear한 표기를 사용하기도 하고 아래의 2차원적인 표기를 사용하기도 하지요. 하지만 당쇄가 열개가 넘어 수십개에 이르는 경우는 그것을 일일히 적..

메이저리그 야구장의 전광판들

저는 야구를 아주 좋아합니다. 그래서 여행을 가면 가능한 한 그 동네의 야구장에 가보려고 노력하고 있습니다. MLB ball park 30군데 다 가보는 것이 제꿈이죠. 하지만 지금까지 가 본 곳은, 아틀란타 브레이브스 터너필드와 볼티모어 오리올즈 캠든 야드였는데 지난 주에 샌프란시스코 자이언츠 AT&T 파크에 다녀왔습니다. 야구장에는 각각의 역사와 특징이 있는데 특별히 야구장 전광판이 눈에 띕니다. 아마 처음 가본 브레이브스 터너 필드의 전광판이 너무 인상적이어서 그랬을지도 모릅니다. 너무나 선명한 전광판에 정신이 팔렸는데, 혹자는 브레이브스 소유자인 CNN의 테드 터너 이름을 본딴 터너 필드이므로 CNN의 우수한 방송 기술로 만들어서 MLB 최고수준이라고도 하더군요. (확인은 못해봤습니다.) (샌디에..

온라인으로 보는 텍스트북, Genomes by TA Brown

원서 한 권에 몇 백불씩 하는 미국에서는 학생들이 어떻게 공부를 할까, 이런 생각을 하시는 분들이 계실지 모르겠습니다만 요즘 놀라운 것은 중요한 교재들이 온라인에 무료로 공개되고 있다는 것입니다. 그중 대표적인 사이트가 NCBI의 Bookshelf인데 유전학책으로 유명한 Terence A. Brown의 Genomes 2nd Edition도 온라인에 공개되어 있습니다. (링크를 누르시길) 영국 맨체스터 대학 (UMIST)의 교수 브라운은 위의 책 말고도 Gene Cloning이라는 책으로도 유명한데 예전엔 한국 대학의 한학기 정도의 유전공학 과목 교재로 많이 사용되곤 했습니다. 그런데 요즘에는 Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction으로 책이름이 바뀌었군요. 이 ..

하버드 "연구도 좋지만 가르침에도 주력해야"< NYT >

대학이 어떤 곳인가에 대해서는 다양한 의견이 있을 수 있을 겁니다. 하지만 누가 무라고 해도 "교육과 연구"는 누구나 중요하게 생각하는 문제죠. 하지만 최근의 경향은, 소위 "좋은 학교"는 "연구중심"대학이라는 분위기가 강합니다. 틀린 이야기도 아니구요. 예전에도 한 번 썼지만 제 생각에는 대학의 교육기능이 너무 무시되지 않나하는 생각을 솔직히 많이 합니다. 그 대표적인 것이 "영어 강의" 같은 것이죠. 단지 영어 때문에 교육의 기능을 상당부분 포기한다는 것은 좀 심한 것이 아닌가 생각합니다. 물론 저같은 사람도 영어로 하라고 하면 할 수는 있습니다. 또 영어를 정말 원어민 못지않게 잘 하시는 분을 본 적도 있습니다. 하지만 영어교재로 강의해도 따라오기 힘든 학생들에게 "대학평가"를 위해서 영어강의를 하..

2장 2절 세균성 극한미생물

2. 세균성 극한미생물들 자연계에는 매우 다양한 고온성, 저온성, 호염성, 호산성, 호알칼리성 등등의 극한성 세균들이 존재하는데 이들은 어떤 특정의 계통학적 위치를 차지하지는 않는다. 그러나 계통학적으로 아키아와 가장 가까운 위치를 차지하는 미생물이 Thermotoga와 Aqufax 이다. 여기서는 이 두 종의 미생물들과 자연계에서 가장 흔하게 발견되는 대표적인 극한성 세균들의 특성에 대해 알아보도록 하겠다. 1) Thermotoga maritima 이탈리아 불캐이노 지열지역 (geothermal area)에서 발견된 Thermotoga maritima는 가장 대표적인 초고온성 (최적온도 80C) 혐기세균이다. 전체 ORF의 24%가 아키아 유전자와 유사하기 때문에 아키아와 수평 유전자 이동 (later..

2007 KRIBB-KSG Joint Symposium (한국당과학회 심포지움)

오늘 메일을 받았는데 생명연과 당과학회의 조인트 심포지엄이 열린다는군요. 재미있을 것 같습니다. 한국당과학회의 출범과 더불어 드디어 한국에서도 Glycomics에 대한 관심이 늘어나는 것인가요? 2007 KRIBB-KSG Joint Symposium ■ 인간 지놈 해독을 토대로 일어난 지노믹스 붐에 이어 이제는 바야흐로 다양한 “오믹스 (-omics)" 기술의 시대를 맞이하고 있습니다. 여러 새로운 오믹스 학문 분야 중에서도 제 3의 생체정보 고분자인 "당사슬 (glycan)"을 기반으로 하고 있는 ”Glycomics“ 관련 기초 및 활용 연구는 생물, 화학, 생물정보 및 바이오 나노 등 다양한 분야의 기술들이 통합 활용되는 융합연구 모델로서 또한 21세기를 변화시킬 10대 태동기 기술 중의 하나로 최근..

The 3rd Annual Georgia Glycoscience Symposium by CCRC

제가 현재 근무하는 University og Georgia의 CCRC (Complex Carbohydrate Research Center)는 미국에서 당생물학 및 탄수화물화학으로 특화된 거의 유일한 연구센터입니다. 매년 5월이면 이곳에서 Annual Georgia Glycoscience Symposium이 열리는데 지난 주에 그 세번째 심포지엄이 열렸습니다. 아래는 그 프로그램입니다. 외부 초청 연사 5명이 왔는데 제 개인적으로는 기드온 데이비스의 Glycosyltransferase의 구조 및 메카니즘에 대한 강연이 제일 재미있었고 (제 연구랑 관련이 되니까요) Heather Desaire 교수의 숨쉼틈없이 하이톤으로 이어진 열정적인 강연이 기억에 남습니다. 한국에서 유명하다는 제리 하트 (Gerald ..

The Time 100 (전세계에서 가장 영향력있는 100인)

매년 타임이 선정하는 영향력있는 100인 리스트가 올해에 화제입니다. 미국 대통령인 죠지 부시가 빠졌고 공화당의 대선후보군들도 모두 탈락한 가운데 배럭 오바마가 첫 타자로 소개되고 힐러리 클린턴, 낸시 펠로시, 게다가 사이언티스트 & Thinker 섹션에 앨 고어까지 소개가 되었습니다. 뭐 정치적인 이야기를 이곳에서 하려는 것은 아니고, The Time 100에는 다섯가지의 카테고리가 있는데 1) Leaders & Revolutionaries 2) Artists & Entertainers 3) Scientists & Thinkers 4) Builders & Titans 5) Heroes & Pioneers 이렇게 다섯개입니다. 저 위의 그림에 나온 리스트가 안보이시는 분들을 위해 리스트를 공개하면, 위와..

고온균을 이용한 볏짚으로 가는 자동차

(사진출처: 한겨레신문) 오늘 자 한겨레신문에 재미있는 기사가 실렸습니다. 뭐 이미 사이언스에서 다루었던 cellulosic ethanol에 대한 내용인데요. 덴마크의 "바이오가솔"이라는 회사를 방문해서 쓴 기사인가 봅니다. 기사에서는 "덴마크공대 구내에 위치한 이곳은 이른바 ‘제 2세대 바이오에탄올’을 생산하는 세계 최초의 공장"이라고 하는데 정말인지는 잘 모르겠습니다. 기사에 따르면 "덴마크공대 비르깃 아링 교수는 지난해 차세대 바이오에탄올 생산법을 개발한 뒤, 직접 이 벤처기업을 차렸다"는데 이미 지난 번 포스트에서 봤듯이 미국에선 6개 회사에 DOE의 펀드를 받아 상업적 생산에 들어갔거든요. 아무튼 "이 회사가 바이오에탄올을 만드는데 쓰는 원료목록에는 이밖에 볏짚, 밀집, 버드나무, 옥수숫대, 당..

바닷가재 알러지, 키틴과 천식과의 관계

이번 주 네이처에 흥미로운 논문이 하나 소개되었습니다. 키틴에 의한 면역반응과 천식에 관한 논문이었는데요. Chitin induces accumulation in tissue of innate immune cells associated with allergy p92 Nature. 2007 May 3;447(7140):92-6 Tiffany A. Reese, Hong-Erh Liang, Andrew M. Tager, Andrew D. Luster, Nico Van Rooijen, David Voehringer & Richard M. Locksley Full Text | PDF (821K) | 여기서 잠깐! 키틴이 천식을 일으키는군, 새우나 랍스터를 먹으면 안되겠네, 이런 생각을 하시면 좀 오버하시는 겁니다..

2001년 사이언스 당생물학 특집

이번 주 네이처의 Nature Insight Review 섹션에 실린 특집을 보다보니 2001년 사이언스 특집을 생각하지 않을 수 없군요. 그동안 6년가까이 흐르면서 리뷰를 쓴 사람들이 좀 바뀌기도 했네요. 스크립스의 웡(Chi-Huey Wong)이나 버톨찌 (Carolyn R. Bertozzi), 로라 키슬링, 마커스 애비 (Markus Aebi) 등은 여전히 이 분야 최고의 인물들이죠. 전부 프린트해서 다시 한 번 읽어봐야 겠습니다. 아, 그리고 당생물학 관련 자세한 정보를 설명한 아래 사이언스사이트도 유용하니까 참고하세요. http://www.sciencemag.org/feature/data/carbohydrates.dtl#glycdata Carbohydrates and Glycobiology Ci..

이번 주 Nature 특집 이슈 - Glycochemistry & Glycobiology

방금 전에 받은 이번 주 네이처의 특집 (Insights)이 당생물학에 관한 내용이 실렸더군요. 제가 근무하는 CCRC (cpmplex Carbohydrate Research Center)에 왔던 사람들이 여럿있군요. Hung-wen Liu, Jeffrey D. Esko, Peter H. Seeberger, Ajit Varki 등등 나름 이 분야의 개척자들입니다. 일독을 해야겠습니다. Insight: Glycochemistry & Glycobiology - Produced with support from: Insight: Glycochemistry & Glycobiology Glycochemistry & Glycobiology p999 Joshua Finkelstein doi:10.1038/446999a..

▶◀ 버지니아텍의 젊은이들에게 애도를 표합니다.

뭐라고 말을 해야할지 모르겠습니다. 도저히 일손이 잡히지 않는군요. 범인이 한국인이 아니었다면, 아마 이정도까지는 아니었겠지요. 오늘 아침까지만 해도 중국친구들 만나면 뭐라 말을 해줘야 하나, 이건 너네 나라의 문제가 아니라 개인의 문제라고 말을 해줘야지 했었는데 오히려 제가 그런 소리를 미국 친구에게 들었습니다. 그런 면에서 반성도 해봅니다. 범인의 성격이 어떻고, 가족이 어떻고, 교우관계가 어떻고 국적과 영주권은 무엇이고, 심지어 이달 초에 과속딱지를 뗀 소식까지 여러가지 이야기들이 봇물처럼 나오고 있지만 잠시만 무고하게 숨진 젊은 친구들을 애도했으면 좋겠습니다. 친구와 형제와 자녀를 잃은 유족들과 버지니아텍의 모든 분들께 애도를 표합니다. 하나님의 위로가 있기를 기도할 뿐입니다.

Protein maturation; N-terminal Methionine Excision (NME)

단백질이 만들어지는 translation 과정의 첫번째 아미노산은 Met (methionine)입니다. 보통 Eukayrotes의 경우는 methionine이고 prokaryotes의 경우는 N-formyl-Met (fMet)이죠. 하지만 실제 단백질이 다 만들어진 다음에 보면 첫번째 아미노산이 Met이 아닌 경우가 많습니다. 대장균의 경우는 약 50%이상의 단백질에서 첫번째 아미노산이 Met이 아닌 다른 아미노산이 발견된다고 합니다. 이렇게 N-terminal Met이 잘라져 나가는 현상을 N-terminal Methionine Excision (NME)하고 하는데 거의 모든 생물종에서 나타나는 현상입니다. 이와 같이 translation 후 단백질이 functional form으로 변하는 과정을 pr..

바이오에탄올 덕분에 옥수수값이 두배 상승

이번 주 (2007년 4월 16일자) 경제잡지 포춘 (Fortune)에 흥미로운 기사가 실렸습니다. 제목은 The Great Corn Gold Rush 입니다. 닷컴 버블에 빗대어 닷콘 버블 (dot-corn bubble)이라는 용어를 사용하였군요. 최근 바이오에탄올의 붐이 불어서 미국에서 옥수수 값이 두 배로 올랐다고 합니다. 1 bushel (8갤런, 약 35리터)당 가격이 4불정도가 되었는데 2000년도에 비해 두 배 정도 오른 가격입니다. 역대 최고가격은 극심한 가뭄이 있었던 1996년에 bushel당 5불을 했던 것이라네요. 왼쪽의 그림에 잘 나타나 있습니다만 2006년 117억6천만 bushel 생산한 중에서 약 50%는 동물사료로, 19%는 수출, 18%는 바이오에탄올 생산, 11%는 식품용..

MIT, 예일에 이어 고려대도 강의 인터넷 공개

얼마전에 눈길을 끄는 뉴스가 있었습니다. MIT, 예일 등의 미국 대학들이 무료강좌를 인터넷에 공개한다는 내용이었습니다. 당시는 그냥 그러려니 했었는데 어제 우연한 기회에 MIT의 OCW 사이트에 가보게 되었습니다. (아래 링크 참조) 그런데 직접 가보니까 너무 좋더군요.일목요연한 강의들에 대한 정리를 보자니 부러운 생각까지 들더군요. 물론 아직까지는 비디오보다는 간단한 교안을 올려놓은 경우가 대부분이었습니다. 하지만 그것만으로도 필요한 사람들에게는 도움이 될 수 있을 것 같습니다. 무엇보다 다른 학교들에서 강의의 질을 높이기 위해 노력을 하겠다는 생각이 들더군요. 아니나 다를까, 고려대학교에서도 강의를 "전세계"에 공개한다는 뉴스를 보고 이 포스트를 올립니다. 개인적으로 저는 우리 대학교육에서 "강의"..

바이러스로 배터리를? (생물전지)

이번 주 타임지의 특집은 지구 온난화에 대한 이야깁니다. 지난 번 아카데미 시상식의 주인공 대접을 받았던 앨 고어의 의 반향이 그만큼 큰 것일까요. 그 중에 지구 온난화를 방지하기 위핸 재미있는 연구들이 소개되었는데 눈길을 끈 한 사람이 있었습니다. 이름은 Angela Belcher이고 MIT의 재료공학과, 화학공학과의 교수입니다. (옆의 사진은 지난 아카데미 시상식에 레오와 함께 스탠딩 코미디를 보여줬던, 마틴 스코세지와 함께 최고의 주목을 받았던 앨 고어 전 부통령) Angela Belcher 교수의 연구는 바이러스를 이용한 전기의 생산입니다. 생물전지에 관한 연구는 보통 세균을 이용한 전기생산이 많은 주목을 받았습니다. 메사추세츠 대학의 Derek Lovley 교수팀이 Geobacter라는 세균을 ..

쿠마씨 (Coomassie Brilliant Blue) 염색은 어떤 아미노산에 되는가?

가끔은 너무나 기본적인 것이 생각 안나서 괴로울 때가 있습니다. 쿠마씨 염색의 원리 같은 것이 그렇습니다. 단백질을 전기영동해서 염색할 때 가장 많이 사용하는 염색약이 쿠마씨 염색입니다. 보통 쿠마씨는 "Coomassie Brilliant Blue G 250"이라는 염색약을 뜻합니다. 화학구조는 왼쪽에 보시는 것과 같습니다. (그림은 위키에서 가져왔습니다.) 단백질이 염색이 되는 원리는 이 시약이 단백질의 Arg, Lys이나 aromatic ring이 있는 아미노산 잔기들 (Tyr, Trp, Phe), His등과 결합을 하기 때문이라고 합니다. 조금 더 자세히 말하면 위의 그림에서 보시다시피 쿠마씨는 6개의 phenyl group들과 2개의 sulfonic acid group들을 통해서 단백질과 결합하는..

B형 남성의 희소식, O형으로 혈액형을 바꾸는 효소?

지난 번 "고릴라의 혈액형은 전부 B형? (혈액형과 당생물학)"에서 썼던 내용인데 오늘 재미있는 뉴스가 있었습니다. 혈액형을 바꿔주는 효소를 미생물에서 발견했다는 뉴스인데요. "A·B·AB형 혈액 O형으로 전환가능" (한국일보) 혈액형 상관없이 수혈 가능해진다 (조선일보) 이 기사들의 원문이 되는 뉴 사이언티스트에 나온 기사도 참고하시고 아예 원문을 보시려면 몇일 기다리셔야 겠습니다. 아직은 4월호가 정식으로 나오진 않았네요. 하지만 학교에 계신 분들인 미리 보실 수 있으실텐데, 학교 도서관이 subscription을 했으면 아래 원문을 눌러서 보시길.... Bacterial glycosidases for the production of universal red blood cells Qiyong P Li..

꽃송이버섯의 항암성분은 베타글루칸

재미있는 뉴스가 있습니다. "꽃송이버섯’ 항암효과 진실 풀렸다"는 뉴스입니다. 며칠전에는 다른 언론에서도 소개가 된 적이 있습니다. ‘네이처’誌가 주목한 새 항암치료제 ‘꽃송이버섯’ (신동아)[박태균기자의약선] 항암 효과 탁월 베타 글루칸 (중앙일보) 본문중의 일부분만 인용해 보면 베타글루칸의 함량은, 꽃송이버섯(100g당 43.6g). 잎새버섯(15~20g). 영지버섯(8~15g). 느타리버섯(7~12g). 송이버섯(18.1g). 아가리쿠스(11.6g) 등으로 조사되었다고 합니다. 이 뉴스와 관련된 논문은 네이처 이뮤놀로지 지난 1월호에 두 편이 연달아 실렸군요. 네이처에서도 특집으로 다웠다네요. 논문은 나중에 읽어보고 리뷰해보도록 하죠. Dectin-1 is required for -glucan re..

단백질 등전점이나 분자량 구하는 프로그램

의외로 제 홈페이지를 찾으시는 분들의 상당수가 등전점에 대한 검색을 하시는 분들이더군요. 그 중에 등전점 구하는 방법을 찾는 분들이 꽤 계시던데 간단한 방법을 알려드리죠. 단백질의 여러가지 parameter들을 구하는 프로그램은 수없이 많이 나와있습니다. 그런 프로그램을 자기 컴에다 깔아놓고 쓰시는 분들도 많지만 저는 그냥 온라인 상에서 이용할 수 있는 프로그램을 선호합니다. 그 중에서 제가 가장 애용하는 프로그램은 ExPASy의 ProtParam입니다. 일단 위의 사이트에 접속하시면 다음과 같은 화면이 뜹니다. 저 첫번째 입력창은 무시하셔도 상관없고 두번째 창에 아미노산 시퀀스를 갖다 붙이세요. 물론 one character로 된 시퀀스여야 합니다. 그리고 compute parameters를 누르시면 ..

미국의 바이오매스 이용과 바이오에너지

여러 학회의 동향지들은 의외로 많은 정보들을 잘 다이제스트 해 놓은 경우가 많습니다. 조금 오래된 정보이긴 하지만 화학공학정보연구센터에서 제공하는 전문연구정보 통합검색을 이용하면 알짜배기 정보들을 접할 수 있습니다. 그 중에서 2002년 일본공업신문사 지구환경 8, 9월호에 실린 글을 소개한 , 바이오매스-미국(1) 선진국 중에서 최대의 바이오매스 이용국 바이오매스-미국(2) 바이오매스 이용화학제품의 활동과 영향 이라는 글은 조금 오래된 글이긴 하지만 미국의 바이오매스 이용에 대한 변천사를 보여줍니다. 원문을 보실 분은 위를 클릭하시거나 아래를 참고하시길... 바이오매스-미국 (1) 선진국 중에서 최대의 바이오매스 이용국 미국은 부시정권의 지구온난화대책을 포함한 환경보전에 적극적인 대책을 하고 있지만 최..

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