All about Biotechnology, 바이오텍의 모든 것

아직도 많은 책에서 생육 최적온도가 가장 높은 미생물은 Pyrolobus fumarii 이야기를 많이 합니다. 초고온균의 아버지라고 불리우는 Karl O Stetter 박사팀이 대서양 열수구에서 발견한 이 아키아는 섭씨 113도까지 생육이 가능하죠. 하지만 그 기록이 2003년에 깨졌는데 그 균이 바로 Strain 121입니다. 메사추세츠 대학 데렉 러블리 (Derek Lovley) 교수팀이 발견한 이 균주의 생육 최고온도는 무려 섭씨 121도. 우리가 보통 autoclave로 살균을 할 때의 온도입니다. 실제로 autoclave를 해도 죽지 않았고 121도에서 doubling time이 24시간이라고 하는 군요. 이 균도 아키아로서 계통학적으로 가장 가까운 종류가 Pyrodictium occultum ..

이번 주에 Protein Science에 논문이 떴군요. 지지난 달엔 국내논문도 한 편 나오고... 이제 스물 다섯편이 되었습니다. (2008년 4월 16일) 이번 주에 chitosanase가 Pubmed에 떴군요. 이제 스물 세편이 되었습니다. (2007년 11월 24일) 지난 주에 Nature Methods에 보냈다가 물먹은 논문이 J. Biomol. NMR에 accepted 되었다는 연락을 받았습니다. 그 동안 논문을 세어보니 스물 한 편이네요. 첫 논문이 1996년이었으니까 11년 동안 많다면 많고 적다면 적은 숫자입니다. 25. Tiandi Zhuang, Han-Seung Lee, Barbara Imperiali, James H Prestegard, Structure Determination o..

이번 주 타임지의 기사로 알게 된 사실입니다. 제목은 "폐암 유전자 밝혀지다 (Lung Cancer Genes Identified)". 폐암이 흡연과 관련되어 있다는 것은 모두가 받아들이는 것이지만 흡연자의 약 80% 가량에서는 폐암이 발병하지 않습니다. 그들은 과연 운이 좋은 것일까요? 이렇게 기사는 시작됩니다. 간단히 요약하면 이 유전자들은 "nicotinic acetylcholine receptor 단백질"의 유전자들로 인간 염색체 15번에 위치한 유전자들인데 이 유전자의 돌연변이 (1염기의 변이)가 폐암 발병율을 높인다고 합니다. 인간은 두 쌍의 염색체를 가지고 있으므로 이 유전자를 쌍으로 가지고 있는데 한 쪽에만 변이가 일어나면 약 28% 더 폐암 발병율이 높아지고 두 쌍을 가지고 있므면 무려 ..

2007/05/31 - [Personal] - 메이저리그 야구장의 전광판들 오늘 미디어다음에 미국 야구장 풍경 사진이 하나 올라왔는데, 기자가 그만 실수를 했더군요. 도떼기 시장이라니요. 미국에서 야구장은 누가 뭐래도 편히 쉬면서 여가를 즐길 수 있는 멋진 곳입니다. 야구를 좋아만 한다면 말이죠. 저 야구장 주변의 연기는 자동차 매연이 아니고 야구장 주차장에서 핫도그 같은 것을 구워서 먹는 사람들이 내는 연기입니다. 사진을 잘 보시면 하늘색 빨간색 텐트들이 보이실 겁니다. 보통은 SUV 뒷 문을 열고 그늘을 만들어서 바베큐를 하기도 하지요. (아래 사진은 캡쳐가 한페이지에 안들어와서 약간 이어붙였고 원본 사진은 여기) 제가 브레이브스 경기장인 터너 필드에 갔었을 때는 야구장엔 안들어가고 밖에서 맥주마시면..

위 그림은 이번주 타임지 표지입니다. The Clean Energy Myth! 작년 봄까지만 해도 우려의 목소리 정도였으나 기름값이 계속 치솟고 게다가 곡물값까지 올라가자 이제 비판의 목소리가 점점 커지고 있습니다. 잡지 속 기사의 제목은 아예 The Clean Energy Scam (청정에너지 사기!)입니다. 한 번 읽어보는 것이 좋겠습니다. http://www.time.com/time/magazine/article/0,9171,1725975,00.html 원문으로 보실 분들은 Thursday, Mar. 27, 2008 The Clean Energy Scam By Michael Grunwald From his Cessna a mile above the southern Amazon, John Carter..

어제 산업미생물 수업의 과제를 하나 내주었는데 학생들이 과제를 하느라고 밤잠을 설친듯 해보였습니다. 게다가 월요일엔 4교시 빼고 1교시 부터 9교시까지 수업과 실험이 있지요. 생각해보니 좀 안됐다 싶어서 수업 중간에 박카스를 사다가 쫙 돌렸는데 그러다가 나온 것이 타우린에 대한 질문이었습니다. 예전에 수업을 하면서 정리했던 타우린에 대한 이야기들을 정리해 봅니다. 일단 타우린의 학명은 2-aminoethanesulfonic acid 로서 황함유아미노산인 cysteine의 derivative입니다. 타우린은 쓸개즙의 주성분의 하나이고 포유류의 두뇌, 심장근육, 간, 신장 등의 장기와 골격근육, 혈구세포등에 존재합니다. 사람을 비롯한 동물의 담즙산과 결합하여 타우로콜산(taurocholic acid) 등 형..

이 블로그에도 몇 번 소개한 적 있었던 MIT Technology Review의 10 Emerging Technologies 2008 이 최근 발표되었네요. 하지만 올해엔 더욱 여러가지 생각을 하게 하는 것이 있었으니 바로 Cellulolytic Enzymes 이 그 열번째 자리를 차지했다는 것입니다. 여기서 Cellulolytic Enzymes란 섬유소를 분해하는 효소를 총칭하는 것으로 가장 대표적인 것으로 세제나 청바지 물빼는 데 사용하는 cellulase가 있습니다. 그런데 이 효소는 이미 가장 잘 알려진 효소이고 산업적으로도 다양하게 사용되는 효소입니다. 하지만 이 효소가 다시 주목을 받는 이유는 바로 바이오연료 (Biofuel), 특히 그 중에서도 bioethanol 때문입니다. 이미 이 블로그..

세상의 여러 연구자들이 새로운 미생물들을 발견하기 위해 노력하고 있습니다. 우리나라가 신종 미생물을 발견하는데는 세계에서 손꼽히는 나라이기도 하지요. 하지만 이미 많은 연구자들에 의해 일상적인 환경에서는 수많은 미생물들이 발견되었습니다만 아직 지구상에 있는 전체 미생물의 5%에도 못미친다고 하기도 합니다. 그래서 극한 조건에서 신종 미생물들을 찾기위해 노력하고 있지요. 그런데 세균중에서 가장 큰 미생물은 무엇일까요? 1999년 이전까지는 "Epulopiscium fishelsoni"였습니다. 1985년에 발견된 Epulopiscium fishelsoni는 검은 쥐치 (surgeonfish)의 장에서 공생하는 그램 양성 미생물로서 길이가 약 200-700 μm, 직경이 약 80 μm 정도였습니다. 하지만 ..

설탕을 보통 sugar라고 하지요. 하지만 sugar는 당(그리스어로saccharide)의 의미도 있습니다. 화학적으로 설탕은 sucrose이지요. 그리고 sugars라고 복수로 쓸 경우에는 "당류"라는 뜻으로서 여러가지 당을 이야기합니다. 지난 학기에 설탕에 대해 강의할 기회가 있어서 자료를 정리하다보니 아직도 국내 방송에서 설탕의 유해성에 대해 지나치게 과장하고 있는 경우가 많더군요. 한 번은 정말 방송국에 전화를 할 뻔한 적도 있습니다. 그런데 그 과장의 한 복판에는 바로 이 책이 있습니다. 미안한 이야기지만 이 책에서 건질만한 내용은 거의 없습니다. 일단 1975년에 쓴 책이니만큼 전혀 업데이트가 안되어 있고, 책에서 예를 든 것들이 무슨 19세기나 기껏해야 1970년대의 이야기들입니다. 그런데 ..

아마 아래의 광고를 보신 분들 많이 계실 것입니다. 그런데 뭔가 이상하지 않으신가요? 한 번 잘 찾아보시죠. 찾으셨습니까? 제가 이상하다고 생각한 것은 바로 이것입니다. 저 광고에서는 Yes, Sir! 가 아니라 Yes, Ma'am! 이라고 해야 한다는 것이죠. 아래는 실제로 있었던 일인데, 어느 한국인이 미국의 관공서에 가서 부탁할 일이 있었습니다. 그래서 말끝마다 yes, sir!, yes, sir! 라고 대답을 했는데, 상대방이 너무 불친절하더라는 것이죠. 그런데 나중에는 짜증을 내며, yes, sir!가 아니고 Yes, Ma'am 이라고 하라고 했다더군요. 그 상대방이 여성이었기 때문입니다. (그런데 군대같은 조직에서는 관용적으로 Yes, sir!라고 하지 않을까 하는 생각도 드네요.) 물론 대한..

"대학자율은 등록금인하 경쟁부터"라는 오늘자 연합시론을 보고 씁니다. 최근 미국 사립대학들의 학비 감면 뉴스가 자주 언론에 오르내리고 있는데, 사실 "수업료 감면"에만 촛점이 맞춰지는 것이 좀 이상합니다. 실은 "저소득층에 대한" 학비 감면이 맞는 말이겠지요. 2006년 말의 기사지만 USA today의 기사를 보면 여전히 미국대학의 등록금은 연간 6% 정도 인상되고 있는 것으로 보입니다. 옆의 그래프에서 보듯이 미국 사립대학의 작년 학비는 연간 3만불 수준입니다. 공립(주립)대학은 120000불 정도로 훨씬 싼데 아마 in-state tuition waiver 등을 통해 학비 감면을 받는 학생들이 많기 때문이 아닐까 싶습니다. 미국의 주립대학들은 그 주의 학생들이 진학을 하면 학비를 3분의 1정도 밖에..

허구로 밝혀진 의학 상식들의 내용이 재미있습니다. 소스는 BBC라고 하는 군요. 기사 제목은 "'Medical myths' exposed as untrue"입니다. 이 기사에는 7가지 "의학미신"을 이야기하고 있군요. 그 내용을 잠깐 살펴보면, 하루에 물 8잔을 마시면 건강해진다. 사람은 두뇌의 10%만 사용한다. 죽은 뒤에도 머리카락과 손톱은 자란다. 면도 후 털이 더 굵고 짙게 자란다. 침침한 불 빛에서 책을 읽으면 시력이 나빠진다. 병원에서 휴대전화를 사용하면 전자기 간섭을 일으켜 위험을 초래한다. 칠면조 요리를 먹으면 잠이 쏟아진다. 등이라고 합니다. 이 중에서 어두운 곳에서 책 읽는 것하고 면도 후 수염이 더 굵게 자라는 것은 정말인 줄 알았는데, 의외네요. 물 8잔이나 칠면조 이야기는 들어본 ..

오늘 재미있는(?) 기사가 눈에 띄었습니다. "사과도 많이 먹으면 살찐다"는 기사인데요. 그럼 사과를 먹으면 살이 안찝니까? 사과(국광) 200그램짜리 하나의 칼로리는 약 100kcal 정도 된다는군요. 그러니 사과도 먹으면 살이 찔 수 밖에요. 그런데, 기사의 내용은 그런게 아니었습니다. 이 기사는 아래 논문 (아직 퍼블리시 되지 않고 온라인에만 공개된 논문입니다.)을 기초로 만들어진 기사입니다. 그런데 이 논문에는 사과라는 단어가 한번도 나오지 않습니다. 그럼 논문 제목은? 보시다시피 "심혈관계질환에 과당지수 (Fructose index)가 포도당지수 (Glucose index)보다 더 연관성이 있지 않은가?" 입니다. 그럼 사과 이야기는 어디서 나온 것일까요? 그건 이 논문을 기사화한 다른 외신 (..

대략 두 번 정도 있었던 것 같다. 미치도록 영화가 보고 싶을 때가 말이다. 그 첫 번째는 이었던 것 같고 두 번째는 이었다. 올 여름에 인터뷰하러 한 열흘 귀국했을 때, 밀양을 놓친 것이 얼마나 아쉽던지. 영화가 공개되자 멜로영화인줄 알았는데 반기독교 영화라는 (헛)소문이 났고 영화를 본 양식있는 기독교인들은 오히려 기독교영화라고 입을 모으기도 했던 밀양. 하긴 그럴 만도 했다. 아래의 씨네21 별점평을 보라. 남다은 판타지 없이도, 구원의 가능성 없이도, 그래도 살아야 한다는 것 ★★★★ 황진미 멜로영화->유괴영화->기독교영화->메디컬영화. 전도연 연기 작렬! ★★★☆ 유지나 외롭고 상처받은 영혼에게 보내는 선물 ★★★★ 이동진 영화라는 매체가 도달할 수 있는 깊이 ★★★★★ 박평식 “내 울부짖은들,..

보통 실험실에서, 특히 미생물을 다루기전에 손에다 뿌리거나 클린 벤치를 닦을 때 70% 알콜(에탄올)을 자주 사용합니다. 그런데 왜 하필이면 70%일까, 그냥 100% 알콜을 사용하면 될텐데, 이런 생각 누구라도 한 번쯤은 해봤을 겁니다. 일하다보면 그거 물과 알콜 3:7로 섞는 것도 귀찮을 때가 있거든요. 그런데 그것도 다 이유가 있기 때문입니다. 다음의 웹사이트를 보시면 그 이유가 나와 있습니다. http://www.protocol-online.org/forums/index.php?showtopic=4108&hl= http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/17193.html 70% 알콜은 미생물의 세포내부로 침투하여 단백질을 침전(변성)시켜서 죽이는..

강의를 하다보면, 특히 오래전 책들을 보다보면 개미산, 주석산, 호박산 뭐 이런 이름들을 자주 보게됩니다. 사실 요즘이야 그냥 영어이름을 외워서 써버리지만 그래도 가끔 왜 이름을 이렇게 지었을까 궁금해하곤 했는데, 생각보다 제가 짐작했던 이유들이 아니더군요. 그래서 오늘 그 이름들을 정리해보았습니다. 출처는 대부분 두산백과사전 (네이버)입니다. 1. 개미산 (formic acid) 1670년 피셔가 개미를 증류하여 처음으로 얻어 개미산이라고 한답니다. 2. 구연산 (cirtic acid) 구연이란 시트론 citron의 한자명이며, 시트론을 비롯하여 레몬이나 덜 익은 광귤 등 감귤류의 과일에 특히 많이 함유되어 있는 데에서 연유했다고 합니다. 3. 호박산 (succinic acid) 1550년 R.아그리콜..

즐거워지고 싶은 아버지들의 판타지 그런 영화가 있다. 화려한 편집도, 독특한 촬영 기법도, 이야기도 새로울 것이 없고, 후대에 지금을 돌아보았을 때 영화사적으로도 딱히 큰 의미를 찾을 수 없을 것 같은, 그런데 자꾸 이야기하고 싶어지는 그런 영화. 적어도 와 으로 새롭게 자리매김하는 이준익이라는 감독이 21세기 초에 존재하는 의미는 아마 그 정도 지점이 아닐까 싶다. 동시대인들의 가슴을 어루만지는 판타지 감독. 을 즐겁게 보고 나왔다. 예상대로, 본의 아니게 몇 개월(이라고 믿고 싶은) 기러기아빠 생활을 해야 하는 처지의, 40의 문턱에 다리를 걸친 남자가 혼자 보기에 딱 좋은 영화였다. 시놉시스만 봐도 훈훈한 결말이 눈에 보이는 이야기, 왕년의 그룹 활주로와 백두산을 연상시키는 그룹 이름 활화산, , ..

타임에서 올해에도 어김없이 "The Best Inventions Of The Year"를 발표했습니다. 올해의 대상(?)은 iPhone에게 돌아갔군요. 제 관심은 역시 Health 분야의 제품들입니다. 작년 Gardasil이 선정된 것을 포스팅한 이후로 가다실을 찾아오시는 분들이 꽤 됩니다만 올해의 health 부분의 발명품은 무엇이 있을까요? 1) Joint Venture 2) Mouse calls 3) Blood simple 4) Healing hand 5) Cancer's Crystal Ball 이렇게 다섯개가 선정되었군요. (제목만 봐서는 잘 모르시겠죠?) 그 중에서 의약품은 바로 다섯번째의 Cancer's Crystal Ball에 소개된 Agendia사의 Mamma-Print가 유일합니다. 유방..

간혹 매나텍이라는 회사가 다단계 사이비회사가 아닌가 하시지만 암웨이가 새로운 유통기법의 세계 유수 기업이듯이 다단계 판매방식이라는 것만 가지고 매나텍을 말하는 것은 조금 지나치다는 느낌을 받습니다. 물론 우리나라에서는 욕먹을만 하더군요. 저도 누가 만나자고 해서 암웨이의 부흥집회(?) 현장에 한 번 가본 적 있습니다만, 서구나 일본만 해도 암웨이는 TV 광고도 하고, 나름 유통마진을 share하는 건전한(?) 회사라고 합니다. (일본에 있던 시절 TV광고에서 암웨이를 봤을 때의 충격이...) 아무튼 그런데 왜 매나텍은 8가지 필수 당류 이야기를 하는 것일까요? 그건 바로 하퍼의 생화학 (Harper's illustrated Biochemistry)이라는 교재, 26판, 47장, 516페이지에 나오는 아래..

이 이야기는 언제 한 번 꼭 쓰리라고 아껴두었던 것입니다. 약간 논쟁에 휘말리고 싶지 않은 마음도 있었구요. 아무튼 글리코영양소 이야기를 한 번 해야겠다고 마음 먹었던 이유는 제게도 재미있는 에피소드가 있었기 때문입니다. 그러니까 지난 7월, 지금 근무하는 대학에 면접을 보러 한국에 들어왔을 때였습니다. 면접이 끝나고 대전에 볼 일이 있어서 갔다가 예전 근무한 회사를 가려고 택시를 탔는데, 그 회사 근처의 한의학연구원으로 가자고 했지요. 그랬더니 기사분께서 한의학 연구하시냐고 물어보시길래, 한의학은 아니고 뭐 조금 다른 쪽입니다, 이렇게 대답을 했지요. 그랬더니 이 분께서 자기에게 너무나 좋은 연구 아이템이 있다고 하시면서 이런 쪽 연구를 해보시면 어떠냐고 하시더라구요. 좀 황당하기도 하지만 뭐 열정을 ..

2007 Asian Bio-Hydrogen Symposium이 11월 둘째주 대전의 유성 리베라 호텔에서 있다고 합니다. 에너지기술연구의 바이오 하이드로젠 연구팀이 준비를 하고 계신 모양입니다. 처음엔 참석해볼까 하다가, 11만원의 등록비가 솔직히 좀 부담이 되어서 고민중(?)입니다. 그런데 연사들을 보다가 깜짝 놀랐습니다. 후지레바이오의 패트릭 존스 박사가 오는 군요. 여담이지만 저 회사에 제가 들어가서 바로 이 바이오 수소 연구를 할 뻔 했었습니다. 미국의 제 보스가 추천해줘서 나름 좋은 오퍼도 받았고 형식적인 면담만 남겨놓았었는데, 제 아내가 대학원에 입학하게되어서 결국은 미국에 남았죠. 메일을 주고받으면서 참 젠틀한 사람이다라는 좋은 인상을 받았는데, 한국에 온다고 하니 한 번 가서 만나보고 싶다..

지난 번 포스팅 발언의 주인공 제임스 왓슨박사가 결국은 사과를 했다네요. 사과하는 내용의 보도자료를 돌린 모양인데 AP에 인용된 그의 발언은 사과라기 보다는 억울함처럼 들립니다. 특히 이부분을 보면 말이죠. "I am mortified about what has happened," Watson said. "More importantly, I cannot understand how I could have said what I am quoted as having said." Scientist Returns Home After Race Furor (AP) DNA 선구자 왓슨, 인종차별 발언 공개사과 (중앙일보) Nobel Winner Issues Apology for Comments About Blacks (..

오늘 모 사이트에 올라온 글을 보고 생각이 나서 포스트를 합니다. 일단 아래의 책소개를 먼저 보시죠. 피카소와 삶은 개구리/무라야마 노보루 지음/ 유순신 옮김/ 에이지 21펴냄. 이 책은 "삶은 개구리"형 직장인, ‘민들레 홀씨’형 직장인, ‘피카소’형 직장인, ‘다나카’형 직장인 등 직장인을 4가지로 분류하여 각 타입의 발전 힌트와 단점을 위한 처방전을 제시하는데. 첫째. 개구리형 직장인을 본다면 끓는 물에 개구리를 집어 넣으면 즉시 뛰쳐 나오려고 애를 쓸 것이다. 하지만 실내 온도와 같은 물에 개구리를 담그면 그대로 있게 된다. 이제 냄비를 서서히 가열하여 온도가 약간 올라가면 개구리는 만족스러운 표정으로 그대로 있는다. 온도가 더 올라갈수록 개구리는 점점 더 무기력해져서 나중에는 냄비에서 나올 힘을..

지난 번 포스트 "한국인 헐리웃 여배우기 이런 역으로만 나오는 이유?"에서 다뤘던 내용 (여성, 흑인 등이 과학기술계에 부족하기 때문에 일부러 헐리웃에서 그들을 더욱 그런 역에 출연시킨다는)과 관련있는 기사가 눈에 띄었습니다. 누가 뭐래도 20세기 가장 훌륭한 과학적 성취 중 하나를 이뤄낸 제임스 왓슨의 발언이군요. 영국 선데이 타임즈와의 인터뷰 내용인데 동아일보의 기사 중 발언 내용만 모아보면, "흑인들이 백인과 동일한 지적능력을 갖췄다는 전제 하에 이뤄지고 있는 서구 국가들의 아프리카정책은 잘못됐다" "인종간 지능의 우열을 가리는 유전자가 10년내 발견될 수 있을 것" " "아프리카의 향후 전망은 원천적으로 음울할 수밖에 없다" "사람들은 모든 인간이 평등하다는 믿음을 가지려는 성향이 있으나 흑인에 ..

오늘은 간만에 잡담 포스트나 하나 올려 봅니다. 최근에 인간복제 이쪽 관련 수업이 있어서 학생들과 함께 보려고 를 먼저 봤습니다. 아마 와 함께 미래를 그린 과학 픽션으로서 잘 알려져 있는 영화죠. 물론 터미네이터 시리즈 같은 것들이 더 유명하지만 아무래도 터미네이터는 주제 의식보다는 볼거리에 관심이 가는 영화고, 가타카나 블레이드 러너는 좀 더 주제에 집중하게 만들죠. 그런데 그 영화를 보다보니까 주인공이 탄생하는 장면의 간호사가 눈에 익더군요. 혹시 누군지 아시겠나요? 얼굴을 공개하죠. ^^ 이 장면은 신생아의 피를 한 방울 뽑아서 그 자리에서 신생아의 유전적 운명을 알려주는 장면입니다. 그런데 저 배우 사실 여러 영화에서 봤거든요. 확실히 기억나는 것은 하고 였습니다. 그래서 찾아보니 역시 제 기억..